Per obiezione di coscienza si intende il rifiuto di adempiere all'obbligo militare (Servizio militare obbligatorio), un dovere esistente nella Conf. dal tardo ME e fissato nella Costituzione fed. nel 1874 (art. 18). Equiparata alla Diserzione fino al 1927, l'obiezione di coscienza fu severamente punita.
In Svizzera i primi obiettori di coscienza per motivi religiosi furono gli anabattisti nel XVI sec., che rifiutavano di compiere servizio armato. Alla fine del XIX sec. il fenomeno si intensificò notevolmente e si levarono le prime insistenti voci a favore della depenalizzazione dell'obiezione di coscienza (Antimilitarismo, Pacifismo). Con una petizione respinta dal Consiglio fed., nel 1903 ebbe inizio il dibattito politico concernente l'introduzione del Servizio civile.
L'art. 81 del Codice penale militare del 1927 stabilì per la prima volta una distinzione tra le fattispecie della diserzione e dell'obiezione di coscienza, senza però depenalizzare quest'ultima. La revisione del Codice penale militare del 1950 comportò un minore rigore nei confronti dei renitenti alla leva per motivi di coscienza, prevedendo quale pena detentiva l'arresto in caso di fondate motivazioni religiose e gravi crisi morali e rinunciando a sanzioni di diritto pubblico.
Durante la seconda guerra mondiale e fino alla fine degli anni 1950-60, la questione dell'introduzione del servizio civile fu sostanzialmente abbandonata. In questo periodo vennero decretate mediamente ogni anno dieci condanne per obiezione di coscienza. Dall'inizio degli anni 1960-70 i casi aumentarono gradualmente e dal decennio 1970-80 l'obiezione di coscienza assunse dimensioni considerevoli. Nel 1984 fu raggiunto il numero massimo di 788 renitenti alla leva (360 dei quali per motivi di coscienza), ciò che spinse l'opinione pubblica a interessarsi alla problematica.
Vennero poi adottati provvedimenti meno rigorosi verso gli obiettori di coscienza. La revisione del Codice penale militare del 1967 rese più semplice il riconoscimento dei problemi di coscienza quale motivo del rifiuto di prestare servizio militare: le ragioni etiche erano ormai equiparate alle motivazioni religiose, si riduceva la durata della pena e si agevolava il servizio militare senz'arma. Si moltiplicarono inoltre i tentativi di introdurre il servizio civile attraverso una revisione costituzionale; due iniziative in tal senso furono respinte dal popolo nel 1974 e nel 1984. Basandosi sulla discussione parlamentare avvenuta in occasione dell'ultima iniziativa, nel 1990 le Camere fed. approvarono una revisione del Codice penale militare (la cosiddetta riforma Barras) che, pur non intaccando il principio del servizio militare obbligatorio, decriminalizzava gli obiettori di coscienza (erano comunque obbligati a compiere prestazioni di lavoro). Poiché questi ultimi erano ancora assoggettati alla giustizia militare, fu lanciato un referendum contro la revisione del Codice penale militare. Nel 1991 la riforma Barras venne accolta da poco meno del 56% dei votanti. L'organizzazione del servizio del lavoro fu affidata all'ufficio fed. dell'industria, delle arti e mestieri e del lavoro.
Inoltrata dal consigliere nazionale Helmut Hubacher nel 1989, la petizione a favore dell'introduzione del servizio civile per mezzo di una revisione costituzionale ottenne nel 1992 l'82,5% di voti favorevoli. In base alla Costituzione fed. vige tuttora l'obbligo per ogni cittadino sviz. di prestare servizio militare. La legge prevede però un servizio civile sostitutivo per i coscritti che provano in maniera attendibile di non potere conciliare il servizio militare con la loro coscienza (art. 18 della vecchia Costituzione fed., art. 59 della Costituzione fed. del 1999). La legge sul servizio civile e la relativa ordinanza entrarono in vigore nel 1996 (l'organo di esecuzione è stato istituito in seno al DFE).