Per obiezione di coscienza si intende il rifiuto di adempiere all'obbligo militare (servizio militare obbligatorio), un dovere esistente nella Confederazione dal tardo Medioevo e iscritto nella Costituzione federale nel 1874 (art. 18). Equiparata alla diserzione fino al 1927, l'obiezione di coscienza era severamente punita.
In Svizzera i primi obiettori di coscienza per motivi religiosi furono gli anabattisti nel XVI secolo, che rifiutavano di compiere servizio armato. Alla fine del XIX secolo le obiezioni di coscienza aumentarono notevolmente e si levarono le prime insistenti voci a favore della sua depenalizzazione (antimilitarismo, pacifismo). Con una petizione respinta dal Consiglio federale, nel 1903 ebbe inizio il dibattito politico concernente l'introduzione del servizio civile.
L'art. 81 del Codice penale militare del 1927 stabilì per la prima volta una distinzione tra le fattispecie della diserzione e dell'obiezione di coscienza, senza però depenalizzare quest'ultima. La revisione del Codice penale militare del 1950 comportò un minore rigore nei confronti dei renitenti alla leva per motivi di coscienza, prevedendo quale pena detentiva l'arresto in caso di fondate motivazioni religiose e gravi crisi morali e rinunciando a sanzioni di diritto pubblico.
Durante la seconda guerra mondiale e fino alla fine degli anni 1950, la questione dell'introduzione del servizio civile fu sostanzialmente abbandonata. In questo periodo vennero decretate mediamente ogni anno dieci condanne per obiezione di coscienza. Dall'inizio degli anni 1960 i casi aumentarono gradualmente per poi salire considerevolmente dagli anni 1970. Nel 1984 fu raggiunto il numero massimo di 788 renitenti alla leva (360 dei quali per motivi di coscienza), ciò che spinse l'opinione pubblica a interessarsi alla problematica.
Vennero quindi adottati provvedimenti meno rigorosi verso gli obiettori di coscienza. La revisione del Codice penale militare del 1967 rese più semplice il riconoscimento dei problemi di coscienza quale motivo del rifiuto di prestare servizio militare: le ragioni etiche furono equiparate alle motivazioni religiose, fu ridotta la durata della pena e agevolato il servizio militare senz'arma. Si moltiplicarono inoltre i tentativi di introdurre il servizio civile attraverso una revisione costituzionale; due iniziative in tal senso furono respinte dal popolo nel 1977 e nel 1984. Basandosi sulla discussione parlamentare avvenuta in occasione dell'ultima iniziativa, nel 1990 le Camere federali approvarono una revisione del Codice penale militare (la cosiddetta riforma Barras) che, pur non intaccando il principio del servizio militare obbligatorio, decriminalizzava gli obiettori di coscienza (erano comunque obbligati a compiere prestazioni di lavoro). Poiché questi ultimi erano ancora assoggettati alla giustizia militare, fu lanciato un referendum contro la revisione del Codice penale militare. Nel 1991 la riforma Barras venne accolta da poco meno del 56% dei votanti. L'organizzazione del servizio di lavoro fu affidata all'allora Ufficio federale dell'industria, delle arti e mestieri e del lavoro.
Inoltrata dal consigliere nazionale socialista Helmut Hubacher nel 1989, la petizione a favore dell'introduzione del servizio civile per mezzo di una revisione costituzionale nel 1992 ottenne l'82,5% di voti favorevoli. Secondo la Costituzione federale vige tuttora l'obbligo per ogni cittadino svizzero di prestare servizio militare. La legge prevedeva però un servizio civile sostitutivo per i coscritti che nel quadro di un cosiddetto esame di coscienza provano in maniera attendibile di non potere conciliare il servizio militare con la loro coscienza (art. 18 della vecchia Costituzione federale, art. 59 della Costituzione federale del 1999). La legge sul servizio civile e la relativa ordinanza, fondamenti dell'istituzione dell'organo di esecuzione integrato nel Dipartimento federale della formazione, dell'educazione e della ricerca, entrarono in vigore nel 1996.
Nel periodo 2000-2008 annualmente tra ca. 1200 e 2000 uomini hanno rifiutato di prestare servizio militare. Nel 2009 fu abolito il laborioso esame di coscienza e introdotta la cosiddetta soluzione della prova dell'atto. Questa richiede che gli obiettori di coscienza prestino un servizio civile sostitutivo della durata di 1,5 volte quella complessiva dei servizi d’istruzione. Dal 2011 al 2017 il numero di civilisti ammessi al servizio è comunque salito da ca. 4700 a 6800 persone, con una chiara tendenza a operare questa scelta non solo da parte di reclute, ma anche di numerosi soldati che avevano già adempiuto la scuola reclute, di ufficiali e specialisti, ad esempio medici. A livello sociale l'obiezione di coscienza è ormai ampiamente accettata; ciò si è espresso non solo nel numero di persone ammesse al servizio civile, ma anche nella creazione, nel 2019, di un nuovo Ufficio federale del servizio civile (Civi), in sostituzione dell'organo di esecuzione.
Per frenare la popolarità del servizio civile, dal 2017 i partiti borghesi hanno perseguito una revisione della legge sul servizio civile. Secondo il messaggio del Consiglio federale del 20 febbraio 2019, il principio secondo cui non vi è libera scelta tra il servizio militare e il servizio civile sostitutivo andava confermato con forza, elevando le esigenze per la prova dell'atto e rendendo il servizio civile meno attrattivo. A sorpresa, il 19 giugno 2020 il progetto è stato tuttavia bocciato in votazione finale dal Consiglio nazionale.
Con una mozione (1998) e un'iniziativa parlamentare (2018), i Consiglieri nazionali Peter Vollmer (Partito socialista) e Lisa Mazzone (Verdi) hanno chiesto la riabilitazione degli obiettori di coscienza condannati in precedenza. Nel 2000 rispettivamente 2019 nessuno dei due interventi ha tuttavia ottenuto una maggioranza in parlamento.