Le origini dell'affare della Savoia del 1860 sono riconducibili all'accordo, stipulato nel 1858 tra l'imperatore Napoleone III e Camillo Benso conte di Cavour, rappresentante del regno di Piemonte-Sardegna, riguardante la cessione alla Francia delle province di Nizza e Savoia, quale riconoscimento per aver appoggiato la monarchia sabauda durante le campagne risorgimentali del 1859. Temendo la fine della neutralità della Savoia settentrionale, sancita nel 1815 al congresso di Vienna e nella seconda pace di Parigi nonché nel trattato di Torino del 1816, la Svizzera protestò contro questi piani che minacciavano soprattutto Ginevra a causa della sua posizione geografica. La neutralità della Savoia settentrionale includeva il diritto della Svizzera di occupare quella regione in caso di conflitto armato.
Data la confusa situazione giur., le autorità sviz., in base alla loro interpretazione della neutralità savoiarda, ritenevano che la Francia avrebbe ceduto loro lo Chablais e il Faucigny. A Ginevra e nel nord della Savoia si sviluppò un movimento filosviz., sostenuto dalle cerchie radicali vicine al Consigliere fed. Jakob Stämpfli e dall'ass. studentesca Helvetia, che raccolse 13'651 firme di Savoiardi rivendicanti l'annessione alla Svizzera dei territori contestati. Il discorso della corona di Napoleone III (1.3.1860) pose tuttavia fine a queste speculazioni, reclamando il passaggio di Nizza e della Savoia alla Francia e omettendo di alludere esplicitamente allo Chablais e al Faucigny. Il 19.3.1860 il Consiglio fed. inviò una nota di protesta alle potenze firmatarie dei trattati del 1815; convinto che la Francia non avrebbe rispettato la neutralità della Savoia settentrionale, il governo elvetico pretese la convocazione di un congresso intern. L'Inghilterra e gli altri Stati non risposero tuttavia all'appello sviz. e Guillaume-Henri Dufour non riuscì a ottenere da Napoleone III la minima concessione territoriale. Il 24.3.1860 il parlamento di Torino e il Senato franc. ratificarono l'accordo di cessione. Di conseguenza cerchie radicali pretesero l'occupazione militare della Savoia settentrionale da parte della Svizzera. Nella notte tra il 29 e il 30.3.1860, ca. 30 Ginevrini armati guidati da John Perrier, deputato radicale al Gran Consiglio, si impossessarono di un battello a vapore e si diressero verso Thonon ed Evian, intenzionati a sostenere un sollevamento filosviz., ma la cosiddetta Azione Perrier fallì. Con il motto "sì e zona", il 22.4.1860 i Savoiardi plebiscitarono l'annessione alla Francia. In seguito la Svizzera tentò invano di ottenere una correzione dei confini.
L'affare della Savoia, che ebbe una vasta eco sulla stampa, suscitò un dibattito emozionale, sempre più focalizzato sulla sua dimensione interna. Culminò con la pubblicazione nella NZZ di una serie di articoli del Consigliere di Stato zurighese Jakob Dubs, intitolati Die tiefern Differenzen in der Savoyerfrage, in cui questi ascriveva il conflitto alla situazione giur. poco chiara. Le cronache degli avvenimenti furono di fatto influenzate dall'affare di Neuchâtel (1856-57), percepito in Svizzera come un successo diplomatico, mentre quello della Savoia entrò negli annali come una sconfitta.