L'acuirsi della tensione tra Prussia e Francia dovuta al dispaccio di Ems del 13.7.1870 indusse il Consiglio fed. ad adottare misure precauzionali il 14 e 15 luglio successivi. In seguito all'ordine di mobilitazione della Conf. della Germania del nord della notte del 15 luglio, l'Assemblea fed. proclamò la neutralità della Svizzera e conferì i pieni poteri al governo fed. Le forniture di armi ai belligeranti vennero proibite e furono mobilitate cinque unità dell'esercito per un totale di 37'000 uomini. Conformemente alle istruzioni del Dip. militare, il grosso delle truppe controllava i valichi di frontiera da Sciaffusa fino alla regione di Porrentruy, mentre due divisioni erano mantenute in riserva. Il 19 luglio, mentre la Francia dichiarava guerra alla Prussia, l'Assemblea fed. elesse Hans Herzog generale e il giorno seguente nominò Rudolf Paravicini capo di Stato maggiore. Herzog stabilì il suo quartier generale a Olten, mise Emil Rothpletz a capo della sezione operazioni e rafforzò la presenza dell'esercito attorno a Basilea, dove temeva un tentativo di attraversamento di truppe franc. verso la Germania meridionale.
La guerra fu per la Svizzera prima di tutto fonte di difficoltà economiche. L'incertezza sul destino del Paese e l'unione monetaria con la Francia (Unione monetaria latina) diminuirono la fiducia nel settore creditizio. Gli affari venivano sbrigati ormai soltanto in contanti, ciò che determinò una carenza di liquidità. Il Consiglio fed. diede perciò corso legale in Svizzera a una serie di monete d'oro straniere e cercò di coprire le proprie necessità di credito, accresciute a causa del servizio attivo, emettendo con poco successo buoni di cassa al 4,5 %. Dato che all'estero non erano più ottenibili prestiti a condizioni accettabili, alzò il tasso di interesse al 6 %. In questo modo il governo fu in grado di coprire i costi della mobilitazione per ca. 8 milioni di frs. Anche le importazioni di beni divennero più difficili. Nel 1870 esistevano collegamenti ferroviari solamente con la Francia e con i paesi dello Zollverein ted. Con lo scoppio della guerra, le vie d'accesso al Paese furono in parte chiuse o gravemente danneggiate. Nella misura in cui la flotta lo permetteva, era possibile ripiegare sul Reno, altrimenti era necessario seguire lunghi itinerari alternativi. Malgrado le difficoltà di trasporto e i divieti di esportazione, si registrò una crescita delle importazioni di generi alimentari e di carbon fossile. I prezzi aumentarono però mediamente di un terzo.
Dato che le attività belliche erano sempre più lontane dalla Svizzera, nella seconda metà di agosto le truppe mobilitate e il grande Stato maggiore generale furono licenziati, mentre il generale e il capo di Stato maggiore furono messi in congedo. Il Consigliere fed. Emil Welti, capo del Dip. militare, assunse la direzione delle operazioni al loro posto. Poiché le competenze del Consiglio fed. e quelle del comando dell'esercito non erano state ancora definite chiaramente, i rapporti tra Welti e Herzog furono difficili. Nonostante importanti operazioni belliche fossero in corso a novembre attorno a Strasburgo, Belfort e Digione, il generale Herzog chiese di essere sollevato dal suo incarico alla fine del mese. La richiesta venne ignorata dal Consigliere fed. Welti. Herzog rassegnò le dimissioni una seconda volta in dicembre. In seguito a un appello urgente del Consiglio fed. Herzog decise di continuare a svolgere il suo difficile compito.
Nel corso dell'avanzata vittoriosa delle forze armate ted., il Consiglio fed. prese in considerazione la possibilità di occupare la Savoia settentrionale, territorio la cui neutralità era stata garantita alla Svizzera nel 1815-16. Il generale Herzog riteneva una simile impresa assurda dal profilo militare e politico, ma la mise allo studio. Il Consiglio fed. rinunciò poi a questa possibilità, poiché l'occupazione della Savoia settentrionale da parte di truppe sviz. sarebbe stata letta dalla Francia come un'inaccettabile revisione delle decisioni del 1860 (affare della Savoia).
Nel dicembre del 1870 la guerra si avvicinò di nuovo alla Svizzera. Il Consiglio fed. decise di mobilitare truppe per la protezione della frontiera nel Giura. Il 17.1.1871 Herzog, generale in congedo, riprese il comando. Quando fu chiaro che l'armata orientale franc., conosciuta anche come esercito di Bourbaki, veniva sospinta verso la frontiera sviz., Herzog spostò a marce forzate le truppe nella zona di frontiera minacciata. Nella notte tra il 31 gennaio e il primo febbraio il generale dettò agli intermediari franc. le condizioni per l'entrata in Svizzera dell'armata orientale, ormai completamente demoralizzata e sottoposta a privazioni di ogni genere. Il mattino seguente passarono la frontiera a Les Verrières 87'000 soldati, che furono disarmati e internati.
La guerra mise in evidenza numerose debolezze dell'esercito, costituito da contingenti cant., che il generale Herzog denunciò senza mezze misure nei suoi due rapporti sull'occupazione delle frontiere del 1870-71. Gli sforzi per la centralizzazione dell'Esercito ricevettero nuovo slancio e trovarono la loro concretizzazione nella Costituzione fed. del 1874 (Milizie cantonali, Servizio attivo).