La carica di prefetto fu istituita durante la Repubblica elvetica (1798-1803). In ogni cant. il prefetto nazionale, nominato dal Direttorio, era il primo magistrato e il rappresentante del potere centrale, da cui la sua designazione in ted., Regierungsstatthalter, luogotenente del governo (in ted. anche Kantonsstatthalter, in franc. préfet). Il prefetto nazionale nominava i sottoprefetti (o viceprefetti), che lo assistevano e guidavano i distr., e i pres. della Camera amministrativa e del tribunale. Responsabile della sicurezza, poteva anche levare le truppe cant. Il sottoprefetto del capoluogo lo sostituiva in caso di assenza, da cui l'appellativo di luogotenente del prefetto.
Il sistema si ispirava al modello franc., sebbene nel 1798 l'agente del potere centrale in Francia fosse ancora chiamato commissario centrale: il termine prefetto apparve infatti con la Costituzione dell'anno VIII (dicembre 1799) e la legge di piovoso dell'anno VIII (febbraio 1800). Il principato vescovile di Basilea, Ginevra e il Vallese conobbero tale ufficio durante il periodo in cui furono Dip. franc. Il titolo utilizzato durante l'Elvetica derivava dunque dal praefectus, termine ripreso dal lat., che prima del 1798 designava talvolta i balivi bernesi alla guida di una Amtspraefektur o prefettura. Il termine luogotenente (Statthalter) era invece correntemente utilizzato durante l'ancien régime per indicare di solito il secondo magistrato del cant.
Il prefetto nazionale scomparve con l'Atto di mediazione, ma la funzione fu mantenuta in numerosi cant. a livello distr., attribuendole tuttavia un nome diverso in segno di rottura con un regime impopolare. Berna ebbe così gli Oberamtmänner (balivi) fino al 1831, Vaud i luogotenenti del Piccolo Consiglio fino al 1832 e il Ticino i commissari di governo. All'inizio del XXI sec. questi magistrati esistevano ancora in nove cant. con il nome di prefetto (Vaud e la parte francofona di Friburgo e Vallese), Regierungstatthalter (Berna e Zurigo), Amtsstatthalter (Lucerna), Oberamtmann (la parte ted. di Friburgo e Soletta), Bezirksstatthalter (Basilea Campagna), Bezirksammann (Argovia) e Präfekt (alto Vallese). Essi rappresentavano lo Stato nei distr., ma de facto erano anche i portavoce dei loro amministrati. Hanno spesso avuto e hanno anche attualmente una funzione giudiziaria: a Berna fino al 1998 il prefetto presiedeva il tribunale distr. nelle piccole circoscrizioni, mentre nel cant. Vaud si occupa ancora di cause amministrative (ad esempio multe disciplinari).
Originariamente nominati dal governo, i prefetti venivano in seguito eletti dal popolo (a Berna dal 1893, a Friburgo dal 1977), ad eccezione del cant. Vaud, dove i radicali ebbero il monopolio dell'ufficio fino al secondo dopoguerra. Le donne hanno avuto accesso alla funzione ad esempio nei cant. Vaud (1996), Berna (1997) e Vallese (2001). Nel XX sec. alcuni cant. hanno abolito la carica, probabilmente per motivi economici: in Ticino i commissari di governo sono scomparsi nel 1922, a Neuchâtel la carica di prefetto delle Montagnes neuchâteloises è stata l'ultima a essere soppressa (1990), mentre a San Gallo il Bezirksammann non esiste più dal 2000.