L'educazione religiosa dispensata a scuola, che per sec. ha avuto carattere confessionale, presentava la cristianità, le sue tradizioni essenziali e le forme principali della vita cristiana, e completava l'insegnamento religioso impartito all'interno delle singole fam. attraverso processi di apprendimento prestabiliti. A seguito dei profondi cambiamenti sociali occorsi nella seconda metà del XX sec. (globalizzazione, multiculturalismo delle società occidentali e pluralismo religioso), anche in Svizzera l'educazione in questo campo sta abbandonando il campo confessionale o interconfessionale e viene completata, o addirittura sostituita, da un insegnamento religioso integrato ad altre materie: nel cant. Berna, ad esempio, il corso su natura, società e ambiente si occupa anche di etica e religione. Un insegnamento di questo tipo nasconde il pericolo di orientare unicamente nel concetto di religione e sulle diverse religioni, tralasciando l'elemento essenziale di ognuna di esse, e cioè la ricerca della verità.
I precursori dell'educazione religiosa nella sua accezione tradizionale, impartita in scuole pubbliche o private, sono le Scuole conventuali e capitolari del basso ME. A San Gallo, Einsiedeln, Muri (AG), Zurigo (Grossmünster e Fraumünster), Lucerna e Soletta, gli ecclesiastici attribuivano particolare valore soprattutto alla trasmissione della fede, all'introduzione nella interpretazione della Bibbia e alla preparazione al servizio religioso degli allievi destinati al sacerdozio, oltre che al patrimonio culturale dell'antichità e al suo significato per il cristianesimo. Anche nelle scuole lat. e in lingua volgare delle città (ad esempio a Basilea, Ginevra, Friburgo, Thun), nel tardo ME la fede veniva impressa negli allievi attraverso l'apprendimento mnemonico e si insegnava agli scolari a prendere parte al servizio religioso. Con la Riforma, il venir meno di una trasmissione culturale della fede all'interno di un'unica Chiesa indusse a istruire sistematicamente gli scolari con l'aiuto di un nuovo strumento, il Catechismo. Importanti manuali di istruzione religiosa furono quelli di Leo Jud a Zurigo, Kaspar Megander e Abraham Musculus a Berna e Giovanni Calvino a Ginevra. Verso la fine del XVI sec., nel territorio della Svizzera rif. era assai diffuso il catechismo di Heidelberg, tradotto anche in franc. Nelle regioni catt., dal 1576 gli ecclesiastici insegnarono il Piccolo Catechismo di Pietro Canisio. In tutte le scuole legate a una chiesa, fino al XVIII sec. l'insegnamento religioso ebbe uno spazio centrale. Solo con l'introduzione dell'obbligo scolastico generalizzato (Scuola elementare), alla fine del XVIII sec. l'educazione religiosa divenne una materia come le altre. Sottolineando le distinzioni confessionali, essa si inserì in un canone formativo che poneva la religione - a dispetto della sua importanza comunque centrale - al servizio dell'autorità pubblica, nonostante la sorveglianza sulla scuola fosse affidata ai preti.
Gli avvenimenti politici del 1798 rappresentarono un punto di rottura. La Repubblica elvetica assunse il controllo della scuola e della cultura, e proclamò la libertà illimitata di culto. Fedele allo spirito dell'Illuminismo, la scuola si pose quale obiettivo lo sviluppo di tutte le potenzialità dell'essere umano, senza privilegiare quelle spirituali. L'educazione religiosa non aveva ormai più finalità scolastiche, e divenne una questione confessionale. Anche dopo il reinserimento nei programmi scolastici (1830 ca.), in molti cant. continuò a esistere come educazione etico-religiosa affidata sia alla scuola sia alla Chiesa (che aprì delle scuole domenicali destinate ai bambini piccoli). Nella seconda metà del XIX sec., soprattutto nei cant. catt. che contestavano la possibilità di un insegnamento sovraconfessionale, l'educazione religiosa fu rigidamente organizzata per confessioni. Lo sviluppo successivo fu segnato dalla contrapposizione fra un'educazione religiosa confessionale e una cristiana, sovraconfessionale. Ovunque, l'apprendimento mnemonico era accompagnato dalla discussione di temi religiosi, modulata secondo le capacità di comprensione degli allievi.
Nel XX sec. si costituirono quattro tipi di educazione religiosa che ancora oggi ne caratterizzano il quadro: una forma confessionale esterna al piano di studi, ma in parte svolta nelle aule scolastiche (ad esempio a Ginevra); una forma confessionale inserita nel canone di insegnamento scolastico, ma affidata alla responsabilità della Chiesa (ad esempio nei Grigioni, a Basilea Campagna, nei cant. catt.); una forma confessionale affidata congiuntamente alla Chiesa e alla scuola (ad esempio nel Vallese e a San Gallo) e una forma cristiana sovraconfessionale che comprendeva anche tentativi di cooperazione interconfessionale. Tutti e quattro i tipi di educazione religiosa, per ragioni costituzionali (art. 15, cpv. 4), non sono obbligatori. In numerosi com., inoltre, dalla fine del XX sec. l'educazione religiosa ha assunto connotazioni differenti. All'inizio del XXI sec. nelle scuole della Svizzera franc. (ad eccezione di quelle di Ginevra e Neuchâtel) è stato introdotto un nuovo manuale di educazione religiosa. La Chiesa catt. e anche alcune Chiese cant. rif. hanno sviluppato, per mezzo dell'insegnamento dei sacramenti e della tradizionale preparazione alla Cresima e Confermazione, proprie offerte di formazione e istruzione a partire dal primo anno di scuola, in modo da garantire una socializzazione religiosa.