Dopo la caduta del regime patriziale, il nuovo governo liberale di Berna creò nel 1834 una scuola di livello univ. sul modello ted. Articolata nelle facoltà di filosofia, medicina, diritto e teol., l'Univ. succedette all'Acc., nata a sua volta nel 1805 dalla Hohe Schule, scuola superiore di arti liberali e teol. risalente al 1528 (Accademie). Con la sua fondazione i liberali miravano a formare una classe di funzionari fedeli ai loro principi. Il corpo insegnante comprendeva 35 docenti (17 Tedeschi, 17 Svizzeri e un Francese) e si occupava dei ca. 170 studenti, quasi tutti provenienti dalla Svizzera. Nel 1874 fu istituita la facoltà di teol. catt.-cristiana e nel 1900 quella di veterinaria. Nel 1885 l'Univ. di Berna contava più di 500 studenti e verso il 1900 ca. 1000; il rapido incremento è da attribuire soprattutto all'afflusso di studenti stranieri. Attorno al 1870 si immatricolarono le prime donne, provenienti dalla Russia. Anna Tumarkin, dal 1909 titolare di una cattedra straordinaria di filosofia ed estetica, fu la prima professoressa in Europa autorizzata a esaminare dottorandi e abilitandi e a entrare nel Senato dell'Univ. Sempre nel 1909 Theodor Kocher, ordinario di chirurgia, ricevette il premio Nobel per la medicina. Un anno prima Albert Einstein aveva ottenuto l'abilitazione per l'insegnamento della fisica teorica. Nel 1903 fu inaugurato il rappresentativo edificio principale sulla Grosse Schanze. Nel 1912 fu istituito un dip. di scienze economiche all'interno della facoltà di diritto, rinominata facoltà di diritto e scienze economiche nel 1954. Nel 1921 la facoltà di filosofia si suddivise nella facoltà di lettere e in quella di scienze naturali.
Allo scoppio della prima guerra mondiale l'Univ. di Berna perse gran parte dei suoi studenti stranieri. Nel 1930 contava 1297 iscritti. Nel 1931 Gonzague de Reynold, professore di letteratura franc., fu costretto a dimettersi a causa delle sue idee politiche. Negli anni 1930-40 alcuni professori ted. simpatizzanti del nazismo furono licenziati, fra gli altri Walter Porzig, che nel 1935 scambiò la sua cattedra bernese con quella di Albert Debrunner a Jena. Durante il secondo conflitto mondiale l'Univ. di Berna ridusse la propria attività.
La nuova legge sull'Univ. del 1954 non portò alcuna innovazione. Dal 1958 il costante aumento del numero di studenti rese necessari ulteriori spazi e promosse la nascita di nuove istituzioni, fra l'altro del centro di formazione per insegnanti di scuola secondaria in lingua franc. (1970). Parallelamente, sull'onda del movimento del 1968, gli studenti chiedevano riforme della politica educativa. Tuttavia non furono realizzati né i piani di riorganizzazione proposti nel 1969 dalla commissione di esperti incaricata dal governo, né il progetto concernente l'amministrazione del 1974. Nel 1982 un'iniziativa popolare lanciata dagli studenti e una revisione parziale della legge sull'Univ. fallirono. Solo nel 1989, quando l'Univ. registrava ca. 330 docenti e oltre 5000 studenti, entrò in vigore una nuova legge, con modifiche minime. Nel 1996, grazie a un'ulteriore revisione della legge, l'Univ. di Berna fu trasformata in un ist. di diritto pubblico con personalità giur. propria. Collaborazione e scambi tra le Univ. sviz. furono semplificati. Sulla base della riforma di Bologna, nel 1999 furono introdotti gli adeguamenti alle norme europee. Nel 2001 la facoltà di teol. catt.-cristiana si unì a quella di teol. evangelica, mentre la facoltà di diritto e scienze economiche diede vita alle due distinte facoltà di diritto risp. di scienze economiche e sociali. Nel 2005 venne creata la facoltà di scienze umane e nel 2006 Vetsuisse, facoltà veterinaria gestita in comune dagli atenei di Berna e di Zurigo. L'ampliamento dell'Univ. determinò una vivace attività edilizia nel quartiere Länggasse. Vennero allestiti spazi nella ex fabbrica di cioccolato Tobler (Unitobler, 1993) e sul sedime del vecchio ospedale ginecologico (UniS, 2005); nel 2007 fu acquistata l'area della fabbrica Von Roll. Nel 2009, anno del 175esimo anniversario, l'Univ. di Berna contava oltre 14'000 studenti (con il 53% di donne e il 12% di stranieri) e 350 professori (17% di donne e 45% di stranieri), suddivisi in otto facoltà.