Dalla fondazione del collegio gesuita Saint-Michel (1582), a Friburgo vennero intrapresi a più riprese tentativi di erigere un ateneo dei catt. sviz. Davanti all'aggravarsi del deficit culturale di questi ultimi, nel 1889 il cant. - sotto l'impulso del Consigliere di Stato Georges Python - raccolse la sfida; l'antica scuola di diritto (1762), trasformata in facoltà nel 1882, venne così affiancata da una facoltà di lettere. Le facoltà di teol. e di scienze seguirono nel 1890 risp. 1896. Contrariamente al progetto del vescovo Gaspard Mermillod (ist. decentralizzati sotto l'autorità dell'episcopato sviz.), Python fece della nuova Univ. un'istituzione statale. Solo la facoltà di teol., affidata ai domenicani, aveva uno statuto confessionale. Univ. catt., vista come tale fino alla fine degli anni 1960-70, l'istituzione ambì inizialmente a distinguersi per il carattere bilingue e intern., sia nella scelta del corpo insegnante sia negli studenti. La debolezza economica del cant. non permise la costruzione degli edifici; le scienze morali vennero quindi ospitate presso il liceo del collegio Saint-Michel e le scienze naturali occuparono una vecchia fabbrica di vagoni. Il numero di studenti crebbe rapidamente, passando da 137 nel 1890-91 a 587 nel 1910-11, di cui il 40% era iscritto alla facoltà di teol. e il 20% ca. a ognuna delle altre tre facoltà. Accanto a un primo corso propedeutico in medicina, la facoltà di scienze permise la creazione di soc. industriali in collaborazione con l'ist. di chimica e fisica. Le donne furono ammesse agli studi dal 1905. Dal 1920 al 1950, la crescita dell'Univ. divenne più lenta: si passò da 517 a 1007 studenti. Dal 1933, con l'arrivo del Consigliere di Stato Joseph Piller, si registrò un periodo di fioritura. Furono realizzati nuovi edifici e trovate nuove sistemazioni per la facoltà di scienze (1936-37) mentre le scienze morali si insediarono alla Miséricorde (inaugurata nel 1941), costruita da Denis Honegger e Fernand Dumas.
Tra il 1950 e il 1970 l'Univ. triplicò i suoi effettivi arrivando a 3011 immatricolazioni. Nel 1953 con la divisione della facoltà di diritto in due sezioni l'insegnamento delle materie economiche e sociali divenne quasi autonomo. Lo sviluppo dell'Univ. non rimase estraneo alle trasformazioni strutturali del cant. Con la democratizzazione degli studi nonché l'evoluzione del contesto sociale e culturale (Concilio Vaticano II e maggio del 1968), l'Univ. entrò in un periodo di turbolenze. Nel 1970 fu adottata una nuova legge univ., che accordava un ruolo influente alla partecipazione degli studenti. Nell'ultimo quarto del XX sec. l'Univ. si ampliò notevolmente: nel 2000 si contavano quasi 10'000 studenti (10'002 nel 2003). Ciò portò a diversi ampliamenti degli stabili (la Miséricorde, 1978) e a una nuova costruzione (Pérolles II, 2005), destinata alle scienze economiche e sociali che costituiscono una facoltà dal 1988.
L'equilibrio tra le facoltà si è progressivamente modificato. Nel 2010 non più del 3,5% degli studenti era iscritto a teol. catt., mentre il 43% a lettere, il 19% a scienze economiche e sociali, il 18% a scienze e il 17% a diritto. ll numero complessivo di studenti era di 9466 (il 58% donne), di cui il 42% germanofoni e il 35% francofoni. La dimensione bilingue guadagnò progressivamente peso nell'integrazione delle facoltà in reti di ricerca e insegnamento sul piano nazionale (adesione alla rete BENEFRI) e intern. nell'ambito della riforma di Bologna introdotta nel 2003-2004. La proporzione di studenti stranieri, una delle più alte tra le Univ. sviz. per tutto il XX sec., nel 2010 era del 18%.