L'origine dell'Univ. di Ginevra (Acc. fino al 1873) risale all'istituzione nel 1559 di un seminario umanistico e teol., che fece seguito a quella del Collège; sotto la direzione della Compagnie des pasteurs, questi ist. formavano il sistema di istruzione pubblica della Ginevra rif.
Se Giovanni Calvino ebbe un ruolo di primo piano nella creazione dell'Accademia, Teodoro di Beza, proveniente dall'Acc. di Losanna, fu determinante per la sua gestione e il suo sviluppo. La scuola, destinata a formare i pastori e i magistrati ginevrini, dal 1565 fu aperta anche alle discipline giur. Capitale culturale del protestantesimo francofono, Ginevra e la sua Acc. attiravano studenti e umanisti dell'Europa rif. Nuove materie d'insegnamento (matematica e fisica) furono introdotte all'inizio del XVIII sec., nel corso del quale a Ginevra si formò un'importante comunità scientifica: numerosi eruditi furono professori all'Acc., anche se la loro attività si svolgeva in gran parte ai margini o al di fuori dell'ateneo. L'Acc. recepì anche le nuove correnti intellettuali nel campo del diritto e della teol. Gli studenti per contro furono sempre più di provenienza locale, in linea con una tendenza generale alla "territorializzazione" delle alte scuole in Europa. Con una decina di cattedre e alcune decine di studenti immatricolati, l'Acc. rimase un'istituzione di dimensioni modeste.
Con l'annessione di Ginevra alla Francia (1798-1813), l'Acc. venne dotata di un'organizzazione di stampo maggiormente univ. (introduzione dei gradi acc., divisione in facoltà). Il processo di modernizzazione proseguì durante la Restaurazione; affrancata dalla tutela della Chiesa rif., nel 1835 l'Acc. ottenne un'ampia autonomia. In quel periodo contava quattro facoltà (lettere, scienze, diritto e teol.) e 26 cattedre. Il numero degli studenti era inferiore a 200.
Assimilata al regime politico decaduto, l'Acc. conobbe un periodo di turbolenze (dimissioni e destituzioni di professori) dopo l'avvento dei radicali nel 1847. Verso il 1870 si crearono i presupposti per la costituzione di un'Univ. sul modello ted., che fosse nel contempo un centro di libera ricerca scientifica e un luogo di formazione specializzata. Carl Vogt, naturalista, ne fu l'artefice. Nel 1873 il Gran Consiglio decretò l'istituzione di una facoltà di medicina e la trasformazione dell'Acc. in Univ., che fu aperta nel 1876. Se le scienze naturali e la medicina rappresentavano i settori d'eccellenza della neoistituita Univ., orientata verso la ricerca empirica di laboratorio, l'approccio scientifico negli studi umanistici trovò un eminente rappresentante nel linguista Ferdinand de Saussure.
Da alcuni corsi di scienze sociali, avviati nel 1872, nel 1915 nacque la facoltà di scienze economiche e sociali; l'Istituto Jean-Jacques Rousseau, fondato nel 1912 e in cui si distinse Jean Piaget, nel 1975 divenne la settima facoltà (psicologia e scienze dell'educazione). Una scuola di traduzione e interpretariato esiste dal 1941, mentre la scuola di architettura, istituita nel 1942, fu soppressa con la creazione dell'ist. interfacoltà di scienze dell'ambiente nel 2009. Diversi ist. che testimoniano il ruolo intern. di Ginevra dipendono inoltre dall'Univ.: l'Ist. univ. di alti studi intern. (fondato nel 1927 da William Emmanuel Rappard) e l'Ist. univ. di studi sullo sviluppo, confluiti nel 2008 nell'Ist. di alti studi intern. e dello sviluppo, nonché l'Ist. univ. di studi europei, fondato nel 1963 da Denis de Rougemont e divenuto centro interfacoltà nel 1992 (Ist. europeo dell'Univ. di Ginevra).
Per far fronte all'aumento degli studenti e alle necessità della ricerca, nella seconda metà del XX sec. furono realizzate numerose infrastrutture (Uni Dufour, Centro medico univ., Uni Mail, ecc.). Il corpo insegnante raddoppiò tra il 1876 e il 1955 (da 53 a 106) e triplicò tra il 1955 e il 1985 (334). Nel 2010 si contavano 563 docenti, di cui il 19% erano donne (nel 1918 Lina Stern fu la prima donna a essere nominata professore straordinario). All'inizio del XX sec. l'Univ. registrò una forte crescita del numero di studenti. Gli iscritti passarono da ca. 800 nel 1900 a 1600 nel 1913, di cui oltre un terzo erano donne (la prima fu ammessa nel 1871) e quasi l'80% stranieri grazie a una forte presenza di emigrati russi, spesso ebrei e di sesso femminile. Ridotta dalle guerre, la presenza straniera crebbe nuovamente dal 1945, ma i Ginevrini e i Conf. tornarono in maggioranza dopo il 1960.
La crescita economica e la democratizzazione degli studi comportarono un forte aumento delle immatricolazioni, che passarono da 2000 nel 1946 a 7000 nel 1975; in seguito il numero di studenti è nuovamente raddoppiato (14'230 nel 2010, con il 61% di donne e il 37% di stranieri). L'aumento degli iscritti, la moltiplicazione degli indirizzi di studio e delle possibilità di formazione, l'articolazione della ricerca in ist. e laboratori provocarono crisi e tensioni, costringendo l'Univ. a rivedere il suo assetto istituzionale. La contestazione del 1968 portò all'istituzione di organi di rappresentanza (1973) per professori, collaboratori scientifici, personale non docente e studenti, che partecipano alla gestione dell'Univ. La riforma di Bologna (entrata in vigore nel 2005), la collaborazione tra diverse Univ. sviz. con la condivisione di alcune risorse, la complessità del finanziamento e dell'organizzazione della ricerca e il rafforzamento del rettorato e dell'amministrazione centrale hanno causato nel 2006-07 una grave crisi di "governance" che nel 2008 è sfociata nell'adozione di una legge sull'Univ. Quest'ultima ha introdotto metodi di gestione e valutazione che si avvicinano a quelli delle imprese private, conferendo all'ateneo un'impronta più manageriale.