Ex capitolo secolare di canonichesse nobili situato nel com. di S. (SG); (metà del IX sec.: monasterium Skenninis; 1240: Scandensis ecclesia; 1264: gotzhus Schennis). Il capitolo fu fondato dal conte Hunfrid di Rezia tra l'806/807 e l'823 (probabilmente dopo l'814) per ospitare le reliquie della Vera Croce e del Preziosissimo Sangue da lui possedute. Dopo gli Hunfrid la chiesa privata passò ai von Lenzburg, ai von Kyburg e poi agli Asburgo. Uno tra i principali benefattori del capitolo fu il conte Ulrich I von Lenzburg. Poiché nel IX sec. entrambi i libri delle confraternite dei conventi di San Gallo e Reichenau riportano di seguito gli elenchi di nomi dei conventi di S. Stefano a Strasburgo e di S., si può supporre che S. fu fondato come filiale del capitolo secolare femminile di Strasburgo. S. intratteneva contatti regolari con il convento di Säckingen. Nel 1045, re Enrico III pose l'abbazia sotto la propria protezione e le concesse il diritto della libera elezione della badessa. Al più tardi sotto i von Lenzburg (XI sec.), S. Sebastiano martire divenne patrono del convento. Nel ME S. ebbe il controllo su numerose chiese della regione, spec. sulla chiesa e sulla parrocchia di S.
Accanto ai principali possedimenti situati nel Gaster, il capitolo deteneva beni e diritti nella campagna zurighese e in Argovia (Knonau, Reitnau, Niederwil, Mellingen, Wohlen e Wettingen). Possedeva inoltre un numero elevato di capi di bestiame e diversi alpeggi, spec. nel Weisstannental. I possedimenti zurighesi e argoviesi erano sottoposti a un Ammann permanente residente a Zurigo. Con quest'ultima città S. concluse nel 1405 un patto di comborghesia.
Dal 1438 al 1798 il capitolo si trovava sul territorio del baliaggio del Gaster, di proprietà di Svitto e Glarona, amministrato da un balivo non residente e da un vicebalivo con sede a S. Nel 1529 si verificarono episodi di iconoclastia ad opera della pop. rurale passata alla Riforma; dal 1531 spec. Svitto impose il ritorno al cattolicesimo. Gli edifici conventuali furono devastati da incendi nel 1585 e 1610; in quest'ultimo bruciarono anche l'archivio contenente lettere di protezione, atti di privilegi e statuti. Nel tardo ME S. divenne un capitolo secolare di canoniche, sottoposto alla diocesi di Coira, con a capo una badessa, unica persona religiosa del capitolo; essa doveva avere almeno 30 anni e fare professione dei voti davanti al vescovo di Coira, da cui riceveva l'anello e il bastone abbaziale. Le nobildonne, in tempi recenti quasi sempre sei, ma periodicamente anche di più, provenivano spec. dalla nobiltà cavalleresca dell'Alsazia e della Svevia meridionale, raramente dalla Svizzera catt., alienando S. dal suo territorio. Si poteva entrare nel capitolo solo con una dote e un diritto di usufrutto notevoli. La badessa portava il titolo di principessa imperiale, sebbene il capitolo non fosse rappresentato nella Dieta imperiale. S. non era titolare della signoria territoriale, ma della signoria fondiaria e sui servi della gleba.
Durante i disordini della Rivoluzione franc., i combattimenti tra truppe austriache e franc. nei pressi di S. minacciarono l'esistenza del capitolo. Fu Karl Müller-Friedberg, uno dei futuri fondatori del cant. San Gallo, ad adoperarsi con successo per il capitolo, facendogli superare indenne il periodo dell'Elvetica. Lo stesso politico nel 1811 chiuse però il capitolo, secondo lui non più in grado di sopravvivere. La soppressione, inevitabile, fu accettata anche dal vescovo di Coira. Le canonichesse ottennero pensioni annue vitalizie. Dal 1869 gli edifici conventuali ospitarono le monache cacciate dal convento turgoviese di Sankt Katharinental. Dagli anni 1920-30 negli stabili di S. ha sede una casa di cura e per anziani, oggi diretta dalle suore missionarie di Steyl.
Della chiesa d'epoca carolingia all'inizio del XXI sec. si erano conservati solo alcuni resti, mentre della basilica romana, risalente ai primi anni del XII sec., qualche tratto di mura e colonne delle arcate. Nel 1486-87 venne costruito il campanile, nel 1506-07 il coro gotico. L'intera chiesa fu trasformata in stile barocco tra il 1778 e il 1781 e ampliata notevolmente nel 1910-12. Il campanile dell'antica cappella di S. Gallo è l'unica torre rotonda romana conservatasi in Svizzera.