Nella lingua ted. il concetto di "Chiesa libera" (Freikirche) viene usato in senso lato per designare l'insieme delle Chiese rif. indipendenti dallo Stato e i cui membri devono confermare formalmente la propria appartenenza. Di fatto, si tratta esclusivamente di quelle Chiese della Svizzera occidentale che nel XIX sec. si sono separate dallo Stato temporaneamente (Vaud) o definitivamente (Ginevra, Neuchâtel) per ragioni teol. o politiche.
Il distacco delle Chiese rif. dallo Stato ha avuto motivazioni diverse. Nella Svizzera di lingua franc., l'eredità pietista e probabilmente anche gli influssi del metodismo diedero vita al movimento del Risveglio, il cosiddetto Réveil, che ebbe larga diffusione. Al suo interno l'atteggiamento di apertura religiosa e la concezione soggettivistica della fede si unirono in una forma di devozione, dove l'aspetto missionario e sociale erano centrali, capace di opporsi con sempre maggiore decisione all'idea di una Chiesa di Stato e all'indifferenza religiosa e di accogliere anche tendenze separatiste. Lo scontro tra Réveil e le rivoluzioni politiche radicali che miravano a democratizzare la Chiesa di Stato portò a scissioni di vario tipo e con differenti esiti.
Dal 1810 a Ginevra diverse figure legate al Risveglio (Ami Bost, César Malan), in parte ispirate da influssi stranieri (Robert Haldane), si opposero a un cristianesimo razionalista e clericale. Il regolamento dei parroci del 1817, che imponeva ai religiosi di non prendere posizione su questioni dogmatiche controverse, diede origine a movimenti separatisti. Nello stesso anno i sostenitori del Risveglio fondarono la Chiesa del Bourg-de-Four (dal 1839 de la Pélisserie). Nel 1823, sotto la guida di Malan, destituito dalla sua carica per ordine della Chiesa cant., nacque la Chiesa della Testimonianza. Un terzo gruppo di Chiese libere, l'Ass. evangelica della Chiesa cant. (1831), fondò nel 1832, in concorrenza con l'Acc., la scuola di teol. (anche facoltà dell'Oratorio) e nel 1849 partecipò alla creazione della Chiesa evangelica libera di Ginevra. Quest'ultima è indipendente dallo Stato e appartiene alla Federazione delle Chiese evangeliche della Svizzera.
Dopo l'abolizione dei vincoli confessionali con la legge ecclesiastica del 1839 e in seguito alla presa del pulpito per fini politici da parte del governo radicale guidato da Henri Druey nell'agosto del 1845, sull'onda di movimenti del risveglio interni alla Chiesa, quasi la metà dei pastori del cant. Vaud lasciò la propria carica e venne ufficialmente fondata (1847) la Chiesa evangelica libera del cant. Vaud (Alexandre Vinet), che si considerava una Chiesa cant. e si sviluppò parallelamente e in concorrenza con la Chiesa nazionale. Nel 1965 le due Chiese si riunificarono ufficialmente nella Chiesa evangelica rif. del cant. Vaud, abolendo le istituzioni ecclesiastiche doppie.
A Neuchâtel la Chiesa rif., dotata di una struttura rigidamente clericale, venne democratizzata nel 1848. Le diffuse tendenze verso la secolarizzazione, sotto l'influsso del liberalismo teol., portarono seppur a fatica all'adozione di una legge ecclesiastica (1873), il cui orientamento verso la Chiesa di Stato scatenò le proteste di numerose parrocchie e portò alla fondazione della Chiesa evangelica neocastellana indipendente dallo Stato. Anche in questo caso si crearono dunque strutture ecclesiastiche doppie. Nonostante il permanere di una grande distanza fra la Chiesa e lo Stato, nel 1943 si giunse a una riunificazione nella Chiesa rif. evangelica del cant. Neuchâtel.