Ordine benedettino riformato del basso ME che prende il nome dall'abbazia di Cîteaux in Borgogna, fondata nel 1098. L'ordine si basava su un nuovo concetto religioso di povertà, che imponeva ai monaci di rifugiarsi nella solitudine e di vivere in stretta indigenza grazie al lavoro manuale (Monachesimo). I cistercensi prendevano pertanto nettamente le distanze dal monachesimo cluniacense, divenuto ricco e potente. Lo statuto dell'ordine (Charta caritatis) si costituì, sulla base della regola di S. Benedetto (Benedettini), nella prima metà del XII sec. Le singole abbazie erano in un reciproco rapporto di dipendenza; l'abate dell'abbazia madre si recava ogni anno in visita pastorale presso le fondazioni figlie. La costituzione dell'ordine era completata dal principio comunitario del Capitolo generale, che vedeva la riunione annuale a Cîteaux di tutti gli abati.
L'ordine ebbe una rapida espansione soprattutto grazie all'attività di Bernardo da Chiaravalle. Fu probabilmente sotto il suo influsso che nobili e vescovi molto presto fondarono nella Svizzera borgognona le abbazie cistercensi di Bonmont (1110-20), Montheron (1126-34), Hauterive (1132-37), Frienisberg (1131-38) e Hautcrêt (1134-43). Oltre il confine dell'Aar, il movimento si spinse, con un certo ritardo, anche nella Svizzera alemanna, dove sorsero i monasteri di Kappel (1185), Sankt Urban (1194) e Wettingen (1227).
Il movimento femminile religioso del basso ME interessò anche l'ordine dei cistercensi. Nel XII sec. i monasteri femminili di norma non erano compresi nella giurisdizione dell'ordine. Le resistenze dei cistercensi nei confronti delle donne erano dovute a fattori economici, ma rispecchiavano anche un atteggiamento misogino di fondo. Nel XIII sec., sotto la spinta del movimento femminile, degli ordini mendicanti concorrenti e della nascita di numerosi monasteri cistercensi femminili, l'ordine abbandonò tali resistenze. La prima fondazione si ebbe a Olsberg (1234-35) e a partire dal 1240 sorsero i monasteri di Frauenthal (1240-45), Magdenau (1244-50), Rathausen (1245-61), Fraubrunnen (1246-50) e Tänikon (1249-66). Numerose altre fondazioni vi furono poi dalla metà del XIII sec. fino al 1450. I monasteri femminili, sottoposti a un abate-padre, erano tenuti a una clausura stretta e potevano beneficiare di una limitata autonomia finanziaria.
La generale crescita economica del tardo ME favorì il fiorire dei monasteri maschili; i cistercensi crearono un proprio sistema economico, nel quale ogni stabilimento aveva da cinque a 15 curtes (Grangia), affidate soprattutto ai figli di contadini, i quali, come frati laici (i cosiddetti conversi), sfruttavano i terreni su vasta scala a seconda della posizione geografica - campicoltura nell'Altopiano, viticoltura lungo i laghi, allevamento nell'area Prealpina - e con metodi innovativi. Le eccedenze della produzione agricola e dei prodotti artigianali venivano vendute nei mercati cittadini. I cistercensi praticavano anche il commercio (sale, vino) e gli scambi finanziari.
Dal XIV sec. le trasformazioni dell'economia provocarono una riduzione delle gestioni in proprio e del numero dei conversi. I cistercensi si avvicinarono nella spiritualità e nell'ascesi agli altri ordini monastici. I vincoli regionali (tra l'altro legami di comborghesia con cant. conf., presenza culturale nelle città, per esempio nel quartiere Kappelerhof a Zurigo) divennero più importanti dell'originario ordinamento verticale interno all'ordine, basato su un sistema di filiazione e sul Capitolo generale, che continuava a riunirsi ogni anno a Cîteaux. Al tempo della Riforma scomparvero cinque monasteri maschili e otto femminili.
Le abbazie maschili superstiti ebbero in epoca barocca un periodo di nuova fioritura, che si manifestò in una vivace attività edilizia, nella creazione di biblioteche e scuole, in una stampa tipografica di alto livello, nella cura delle scienze e della musica (Wettingen, Sankt Urban), nell'avviamento di aziende industriali (Lucelle nel Giura) e nella partecipazione alle modernizzazioni agrarie del XVIII sec. (Sankt Urban). Nel XIX sec. vennero soppressi gli ultimi monasteri cistercensi. Due sono sopravvissuti, dopo un periodo di chiusura: quello di Wettingen, dal 1854 trasferito a Mehrerau presso Bregenz, e quello di Hauterive, che nel 1939 fu rioccupato da Mehrerau. Nel 1979 fu fondato un monastero cistercense vietnamita a Orsonnens.
Dei monasteri femminili, sei si trovano ancora oggi nei luoghi originari. Quello di Rathausen si trasferì, dopo essere stato chiuso (1848), a Thyrnau presso Passau; i monasteri turgoviesi di Tänikon, Feldbach e Kalchrain si ricostituirono, dopo la chiusura (1848), in un nuovo monastero (Mariastern-Gwiggen) a Gwiggen (Vorarlberg).