Nell'XI sec. fu fondato a Gerusalemme un ospedale dedicato a Giovanni Battista, nel quale una confraternita di laici si prendeva cura dell'assistenza di pellegrini e malati. Durante le Crociate si unirono alla confraternita cavalieri cristiani. Il gran maestro della confraternita, Raimund du Puy, formulò nel 1130 ca. una prima regola dell'ordine. Dal 1137 i gerosolimitani assunsero anche compiti militari e si trasformarono da confraternita di ospitalieri in Ordine cavalleresco religioso (1180 ca., ordine ospedaliero dei cavalieri di S. Giovanni in Gerusalemme). La convinzione dei gerosolimitani era di perseguire un doppio obiettivo: lottare per la fede cristiana e servire i malati. Dal XII sec. i gerosolimitani si diffusero in tutta Europa dando vita a filiali, le cosiddette commende. Nel 1309 formarono a Rodi uno Stato secondo il modello di una repubblica aristocratica che esistette fino al 1522, quando l'isola venne conquistata dagli Ottomani. Nel 1530 Carlo V donò all'ordine l'isola di Malta; l'ordine si chiamò da allora ordine di Malta. I cavalieri in Germania (baliaggio di Brandeburgo) aderirono alla Riforma negli anni 1530-40 e mantennero il nome originario di gerosolimitani. Dal 1834 il gran maestro dell'ordine di Malta risiede a Roma. Nonostante la perdita dell'isola di Malta (1798), l'ordine non ha mai rinunciato alla sua sovranità. È riconosciuto da molti Stati e intrattiene relazioni diplomatiche con 50 nazioni.
Nel territorio della Conf. i gerosolimitani si diffusero dalla fine del XII sec. Come in altre regioni, i confratelli erano suddivisi in cavalieri, professi e frati serventi. In totale sorsero 19 commende, che appartenevano al gran priorato di Germania o di Alvernia (con l'eccezione della commenda di Contone, che apparteneva alla nazione it.). Le commende gestivano spesso ospizi in cui trovavano alloggio i pellegrini diretti in Terrasanta. Durante la Riforma le commende nei territori di Zurigo (Bubikon), Berna, Basilea e Vaud furono statalizzate. Nei cant. catt. e nel cant. Argovia (Hohenrain, Leuggern, Klingnau) l'ordine perse le sue filiali all'inizio del XIX sec., a Ginevra (Compesières ) nel 1792, a causa dell'occupazione della Savoia da parte della Francia.
Nel 1937 fu fondata a Berna l'Ass. rif. dei cavalieri gerosolimitani in Svizzera, appartenente al baliaggio del Brandeburgo, poi dichiarata soc. nel 1948; una modifica agli statuti del 1975 portò alla costituzione della Commenda sviz. dei gerosolimitani. La commenda è oggi suddivisa in sei sottocommende e conta ca. 100 cavalieri (2006). L'Ass. elvetica dell'ordine di Malta, catt., fondata nel 1961 (163 cavalieri e dame nel 2006) si riconosce nella secolare tradizione umanitaria dei gerosolimitani e gestisce il servizio ospedaliero dell'ordine di Malta in Svizzera a Ginevra.