L'organo è uno strumento noto sin dai tempi antichi, nel corso di scavi effettuati in una villa romana ad Avenches furono ritrovate parti di un organo risalente al II o III sec. Si tratta del terzo organo dell'antichità documentato. Grazie a fonti letterarie è possibile seguire le tracce dell'arte organaria in Svizzera fino a Notker il Teutonico, nel X sec. Non è chiaro, tuttavia, se le fonti descrivano strumenti reali o se si tratti di discorsi teorici. Un documento attesta un organo consacrato a metà del XIV sec. nella cattedrale di Basilea e probabilmente costruito dal maestro Raspo, originario di Francoforte sul Meno. Nel corso del XV sec. la maggior parte delle chiese cittadine o conventuali fu dotata di un organo. Si sono conservate la cassa e parte delle canne dell'organo della chiesa di Valère a Sion, realizzato verso il 1435. Accanto a maestri della Germania meridionale, anche il basilese Hans Tugi lavorò fra il 1482 e il 1519 a Basilea, Berna e a Zurigo (Grossmünster); intorno al 1500, il bernese Lienhard Louberer costruì organi a Berna, Zofingen e Neuchâtel.
Contrariamente a quanto avvenne nei cant. catt., dove la tradizione dell'arte organaria non ebbe interruzioni, durante la Riforma a Zurigo, Basilea, Berna, Losanna e Ginevra gli organi furono banditi dalle chiese. Mentre a Basilea già nel 1561 vennero recuperati gli strumenti antecedenti la Riforma, a Berna solo nel 1726 fu deciso l'acquisto di un nuovo organo per la cattedrale. Dal 1730 anche nel Paese di Vaud riprese la costruzione di organi. Lo strumento distrutto nella cattedrale di S. Pietro a Ginevra nel 1562 fu sostituito nel 1756. A Zurigo il divieto fu abolito solo nel XIX sec. (chiesa cittadina di Winterthur 1809, Grossmünster di Zurigo 1876). Nella vita musicale profana (Musica) l'arte organaria ebbe una certa continuità, seppure in misura modesta. Da un lato le sale musicali dei Collegia musica, fondati nel corso del XVII sec., erano spesso dotate di piccoli organi, dall'altro l'organo si trasformò in uno strumento domestico ad uso privato, dapprima negli ambienti della borghesia cittadina e nel XVIII e XIX sec. anche nelle campagne. Spec. nel Toggenburgo e nell'Emmental si sviluppò una tradizione organaria peculiare.
Accanto a singoli maestri quali Niklaus Schönenbüel, Johann Konrad Speisegger, Johann Jakob Bommer e Samson Scherrer, attivo soprattutto nella Svizzera franc., furono tre dinastie di costruttori di organi a influenzare - in alcuni casi fino a XIX sec. inoltrato - l'arte organaria in Svizzera: i Bossard di Baar e le fam. vallesane dei Carlen e dei Walpen. Le grandi chiese cittadine e conventuali, spec. i monasteri ristrutturati in stile barocco all'inizio del XVIII sec. (fra gli altri Einsiedeln, Muri, Rheinau e Sankt Urban), offrivano l'occasione di realizzare organi di notevoli dimensioni. Spesso ci si avvaleva anche della collaborazione di maestri stranieri quali Thomas Schott di Urach nel Württemberg (Muri, 1630), Johann Geissler di Salisburgo (Hofkirche Sankt Leodegar di Lucerna, 1650), Johann Christoph Leu di Augusta (Rheinau, 1715) e Joseph Adrien Pottier di Lille (Moudon, 1764); Andreas e Johann Andreas Silbermann di Strasburgo costruirono organi a Basilea. Nella Svizzera meridionale furono principalmente attivi organari lombardi come i fratelli Serassi (Castel San Pietro, 1761; Brusio, 1787). L'opera dei costruttori di organi locali fu influenzata in misura più o meno marcata dalle tradizioni della Germania meridionale, della Francia, dell'Italia e del Vorarlberg, tanto che non è possibile individuare uno stile specificamente sviz.
Nella collegiata di S. Nicola a Friburgo Aloys Mooser installò un organo di grandi dimensioni (1834) che fu noto in tutto il mondo grazie all'esecuzione di brani, solitamente improvvisati, che evocavano dei temporali. Questi concerti di musica a programma, che divennero un'attrazione turistica, aprirono la strada a grandi progetti organistici in altre città sviz. Costruttori di organi della Germania meridionale portarono in Svizzera innovazioni tecniche e sonore rivoluzionarie. Friedrich Haas, di Laufenburg (Baden, D), dal 1839 lavorò esclusivamente in Svizzera; introdusse la valvola conica e la leva pneumatica e costruì risp. rimodernò monumentali strumenti nelle cattedrali di Berna (1849) e Basilea (1857) e nella Hofkirche (Sankt Leodegar) di Lucerna (1864). Anche l'evoluzione dell'arte organaria nella Svizzera franc. fu largamente influenzata dall'area germanofona. Haas infatti lavorò a Neuchâtel (Temple du Bas, 1848), Walcker a Losanna (S. Francesco, 1864) e Kuhn a Ginevra (Victoria Hall, 1894). Occasionalmente vi operarono anche costruttori di organi franc., ad esempio Merklin-Schütze & Cie (cattedrale di Ginevra, 1864-65) e Cavaillé-Coll-Mutin (Chexbres, 1905). La ditta Tschanun, fondata a Ginevra nel 1873, dal 1947 assunse il nome Manufacture de Grandes Orgues Genève SA, adottando per la Svizzera ted. quello di Orgelbau Genf AG.
Anche in Svizzera furono recepiti i movimenti di riforma del XX sec., che si distanziavano dall'arte organaria della fine del XIX sec. con strumenti molto tecnici, di grande potenza sonora e dinamica differenziata, e che chiedevano un ritorno all'estetica del XVII e XVIII sec. Esempio tipico di questa tendenza è l'organo della cattedrale di Berna, rimodernato nel 1930 dalla ditta Kuhn (somieri a stecche, trasmissione elettrica, composizione dello strumento mediante una sintesi di elementi barocchi nel positivo tergale e nel pettorale e di tradizione franc. del XIX sec. nell'organo recitativo). Con il nuovo organo del Grossmünster di Zurigo, l'impresa Metzler di Dietikon realizzò per la prima volta (1960) un grande strumento con trasmissione puramente meccanica e una cassa per organo chiusa. Questo organo avviò una fase, durata fino agli anni 1980-90, durante la quale si ricorse in misura crescente a metodi di costruzione storici riferendosi all'ideale sonoro dell'organo barocco della Germania settentrionale e dei Paesi Bassi o, nel caso di strumenti più grandi, all'estetica franc. del XIX sec.
Nel 2008 l'Ass. sviz. dei costruttori di organi, fondata nel 1974, riuniva 14 imprese, ovvero circa la metà di tutti i produttori e tutte le maggiori aziende, ad eccezione della ditta Metzler. Lo stesso anno il settore impiegava da 130 a 150 persone. Grazie all'eccellente fama di cui gode l'arte organaria sviz. nel mondo, le imprese locali vengono regolarmente incaricate di realizzare spettacolari progetti all'estero (tra cui il duomo di Salisburgo, il Trinity College a Cambridge, la Cappella Sistina in Vaticano), fatto che tuttavia non risolve il problema del mercato interno praticamente saturo con cui sono confrontate le ditte sviz. all'inizio del XXI sec.