5.2.1505 Glarona, 28.2.1572 verosimilmente a Glarona, cattolico, di Glarona, dal 1558 anche di Uri e dal 1566 di Svitto. Figlio di Ludwig Tschudi il Vecchio e di Margaretha Kilchmatter detta Aebli. Fratello di Ludwig Tschudi il Giovane. Fratellastro di Jost Tschudi. Cugino di Valentin Tschudi. 1) (1524) Anna Stucki, figlia di Hans Stucki; 2) (1550) Barbara Schorno, figlia di Hieronymus Schorno; 3) (1568) Maria Wichser, vedova di Heinrich Püntener. Cognato di Rudolf Stucki e Christoph Schorno. Dopo lezioni alla scuola latina di Ulrich Zwingli, all'epoca parroco a Glarona, nel 1516-1517 frequentò il pensionato di Glareano a Basilea, con cui mantenne contatti epistolari per tutta la vita. La sua attività in campo militare fu limitata (campagna in Italia settentrionale nel 1523, capitano nella Francia meridionale nel 1536).
Dopo aver iniziato la carriera politica quale balivo di Sargans (1530-1532), Aegidius Tschudi fu balivo (Obervogt) di Rorschach (per conto del principato abbaziale di San Gallo, 1532-1533) e della contea di Baden (1533-1535, 1549-1551), dove entrò per la prima volta in contatto con antichità romane a Vindonissa. Membro del Consiglio dal 1533, assunse un'importanza crescente anche nell'ambito della politica glaronese, ricoprendo le cariche di Vicelandamano (1554-1558) e Landamano (1558-1560) oltre che di preposto alle costruzioni (realizzazione del palazzo comunale e dell'ospedale a Glarona). Rappresentò regolarmente il canton Glarona alle Diete federali e parallelamente venne spesso chiamato a fare da arbitro (arbitrato), consulente giuridico e mediatore. Fu inviato di Glarona in occasione del rinnovo dell'alleanza con il re di Francia Enrico II (1549) e della Confederazione presso l'imperatore Ferdinando I durante la Dieta imperiale di Augusta (1559). Nell'affare di Glarona (detto anche guerra di Tschudi, 1559-1560) si distinse come leader del fronte cattolico che rivendicava l'intervento militare e la ricattolicizzazione a opera dei cantoni della Svizzera centrale. Dopo il fallimento dei suoi piani si ritirò dalla vita politica e dal 1562 al 1565 visse in esilio a Rapperswil (SG), dove fece da consulente a Joachim Eichhorn, abate di Einsiedeln, durante il Concilio di Trento e, in veste di teologo laico, redasse scritti sul culto dei Santi e sul purgatorio.
Erudito privo di una formazione universitaria, Tschudi rimase per tutta la vita un autodidatta. Effettuò una lunga escursione attraverso le Alpi (1524) e un viaggio a Roma (1538). Dal 1527 allestì una biblioteca privata e, con il sostegno del suo collaboratore Franciscus Cervinus, visitò ripetutamente gli archivi e le biblioteche della Confederazione, l'ultima volta nel 1569 di nuovo nella Svizzera centrale. Sfruttò anche la sua attività politica per la ricerca sistematica di fonti storiche, tra cui documenti, cronache, necrologi, inventari (Acta Murensia), iscrizioni e monete. Intrattenne solo periodicamente una corrispondenza scientifica, per esempio con Niklaus Briefer e Beatus Rhenanus della regione del Reno superiore, poi con Zacharias Bletz di Lucerna, Johannes Stumpf, Heinrich Bullinger e Josias Simler di Zurigo, in cui volutamente non affrontò i contrasti confessionali.
L'unica opera di Tschudi stampata mentre era ancora in vita fu l'Alpisch Rhetia, uno studio storico-geografico comprendente anche una cartina della Confederazione autonomamente elaborata dall'autore che conobbe un'ampia diffusione; quest'ultima si caratterizzava per la ricchezza di toponimi e per la prima volta mostrava in dettaglio l'intero territorio svizzero. Tschudi fornì inoltre il principale contributo alla Chronik der Eidgenossenschaft di Johannes Stumpf, pubblicata nel 1547-1548. Della sua cronaca della Svizzera rimasta incompiuta sono note tre versioni. Una prima del 1532-1533, la cosiddetta stesura originale (Urschrift) degli anni 1550 sul periodo 1200-1470 e la cosiddetta stesura finale (Reinschrift) del 1568-1572 sul periodo 1000-1370. Fu data alle stampe solo nel 1734-1736 da Johann Rudolf Iselin con il titolo Chronicon Helveticum. La parte relativa all'epoca precedente all'anno Mille, intitolata Gallia Comata e strutturata secondo criteri topografici, uscì poi nel 1758. Dopo queste pubblicazioni, nel 1760 Beat Fidel Zurlauben definì Tschudi come «padre della storia svizzera». La sua narrazione dei miti di fondazione (collocati da Tschudi nel 1307-1308) ispirò il Guglielmo Tell (1804) di Friedrich Schiller, garantendogli così l'immortalità letteraria ma al contempo limitando la ricezione dell'opera, con ripercussioni fino al XX secolo. Solo la riedizione promossa nell'ultimo terzo del XX secolo dimostrò che la cronaca di Tschudi, oltre alla storia delle origini della Confederazione redatta in età avanzata per dovere patriottico nei confronti dell'élite confederata, conteneva anche parti più datate come quella dedicata alla Vecchia guerra di Zurigo (Histori des Zürichkriegs), in cui Tschudi fece realisticamente risalire al XV secolo l'affermazione della Confederazione come entità politica duratura. Dopo la sua morte, il lascito di Tschudi, con i manoscritti delle sue opere e le miscellanee, rimase di proprietà della famiglia, custodito nel castello di Gräpplang. Nel 1767-1768 venne in parte venduto alla città di Zurigo e in parte all'abbazia di San Gallo.