Le epidemie hanno scandito la vita degli uomini per millenni. Esse appaiono, si diffondono, colpiscono secondo una logica misteriosa, si attenuano, svaniscono e scompaiono senza che se ne conosca il motivo. L'essere umano non è che un elemento in un sistema complesso di fattori interagenti in cui giocano un ruolo lo spazio, il clima, gli equilibri biologici e le malattie. La diffusione, la ricettività e la resistenza alle epidemie sono caratterizzate da un alto grado di casualità; in caso di esposizione agli agenti patogeni, la possibilità di ammalarsi e guarire varia a seconda degli individui. Sembra inoltre che le misure adottate nel corso dei sec. per combattere questi flagelli (per esempio la legge fed. del 1886) non abbiano avuto che un ruolo secondario nella loro eliminazione.
Fino alle rivoluzionarie scoperte di Pasteur nel XIX sec. e alle misure di Igiene prese di conseguenza, le circostanze ambientali svolsero un ruolo preponderante nella storia delle epidemie, la cui dinamica dipese quasi esclusivamente dall'equilibrio biologico che si instaurava tra la loro virulenza e trasmissibilità da una parte e lo stato immunologico della pop. dall'altra. Dal momento che la selezione naturale produce i suoi effetti sia sull'agente infettivo sia sull'ospite che ne è portatore, è possibile immaginare l'esistenza di nicchie ecologiche con un proprio equilibrio microparassitario in continuo mutamento. I complessi patogeni dunque appaiono, si conservano o si disintegrano a seconda che le circostanze riuniscano o separino i loro elementi costitutivi - l'uomo, l'agente patogeno e i suoi vettori - e del realizzarsi o meno delle condizioni di equilibrio con l'ambiente necessario alla loro sopravvivenza. L'ambiente naturale influisce su questi equilibri delicati e instabili attraverso la morfologia del suolo e la topografia (nella misura in cui favoriscono od ostacolano il deflusso delle acque), la vegetazione, la temperatura, il soleggiamento e il tasso di umidità. Per quanto riguarda i fattori umani risultano determinanti l'isolamento, la densità e la mobilità della pop., ma esercitano un'influenza anche le strutture agrarie, la distribuzione degli abitati, il modo di costruzione e l'abbigliamento.
Per numerose malattie, le osservazioni biomediche contemporanee mostrano un rapporto causale tra le variazioni di temperatura e la mortalità, avallato anche dalle ricerche storiche. La Peste bubbonica colpisce principalmente d'estate e d'autunno, perdendo vigore con i primi freddi. Il Vaiolo raggiunge il culmine alla fine dell'estate. In generale, l'attività degli agenti patogeni, degli insetti e degli animali vettori di epidemie subisce un rallentamento durante l'inverno. L'influenza dello stato nutrizionale sulla predisposizione all'infezione varia a seconda dei casi. Alcune malattie infettive come il morbillo, la Tubercolosi e in generale tutte le infezioni gastrointestinali e del sistema respiratorio risultano molto sensibili a questo fattore, mentre il legame causale è variabile per l'influenza, la Sifilide e il Tifo e raro nei casi di peste, vaiolo e malaria.
Oltre ai diversi fattori biologici, naturali, sociali e culturali occorre anche considerare le pratiche e i comportamenti sul piano individuale, che rispecchiano il condizionamento sociale e la mentalità collettiva fatta di credenze, superstizioni e valori morali. L'atteggiamento personale nei confronti della malattia, in particolare l'attitudine ad accettare e utilizzare gli strumenti terapeutici e le misure di prevenzione, dipende dalla percezione della malattia da parte del singolo, dalla volontà di rimanere in vita e dalla consapevolezza delle possibilità di intervento. Tutti questi fattori devono essere presi in considerazione quando si intende determinare il grado di contaminazione, contagio e mortalità di una malattia infettiva.
Tale grado e le capacità di reazione della società sono pure correlati alle modalità di trasmissione della malattia, raggruppabili in quattro categorie. Le malattie dell'apparato digerente (febbri tifoidi, dissenterie, diarree, Colera) si trasmettono per via fecale tramite la contaminazione dell'acqua. Le malattie a contagio diretto (morbillo, vaiolo, tubercolosi, difterite, influenza, peste polmonare) si trasmettono da persona a persona mediante le vie respiratorie e l'aria. Il contagio può avvenire solo nel caso di una densità demografica piuttosto elevata; l'incidenza della malattia dipende allora dal numero di persone contaminabili, dal tasso di moltiplicazione dell'agente infettivo, dalla sua rapidità di diffusione e dalle capacità di difesa immunitaria. In regioni discoste o a insediamento sparso, alcune epidemie fortemente contagiose e immunizzanti come il vaiolo possono sparire per mancanza di soggetti contaminabili. Quando la pop. risulta più numerosa, il decorso è diverso: tutte le malattie infettive che immunizzano coloro che sopravvivono si trasformano in malattie infantili e diventano ricorrenti (come nel caso del vaiolo). La terza categoria è costituita dalle malattie che si trasmettono tramite l'apparato riproduttivo (malattie veneree, sifilide e Aids). Infine vi sono la peste, il tifo e la malaria, malattie dovute a punture e morsi di insetti e animali propagate da pulci, pidocchi, zecche e zanzare, che furono le principali responsabili delle grandi epidemie del passato.
Per quasi due sec. (1350-1550) attorno alla peste si stabilì un equilibrio patologico. Le ondate epidemiche ricorrenti probabilmente impedirono lo sviluppo di altre malattie. Dopo una fase di transizione durata ca. un sec., il flagello divenne sporadico e perse il proprio carattere endemico - al fenomeno non fu estraneo il raffreddamento del clima a partire dal 1550 - e si stabilì un nuovo equilibrio. Giunto probabilmente dai Paesi mus., il tifo esantematico trasmesso dai pidocchi si manifestò per la prima volta in Europa nel 1477. La malattia colpì soprattutto d'inverno e trovò terreno fertile all'interno degli eserciti e tra le pop. sottoalimentate. Nonostante la sua storia risulti poco conosciuta, il tifo fu senza dubbio ampiamente diffuso nel corso del XVII sec. Esso si manifestò in tutti i periodi di grande mortalità e carestia, come nel 1586-91, durante la guerra dei Trent'anni o nel 1648-52; in seguito tornò a colpire durante la crisi degli anni 1740-50 e, per l'ultima volta in maniera massiccia, nel 1816-18. Anche il vaiolo tornò a manifestarsi vigorosamente nel XVII sec. Responsabile dal 6 al 12 % dei decessi annui, a lungo termine risultò quasi altrettanto devastante della peste.
Durante il periodo 1550-1650 le epidemie tradizionali si combinarono quindi con quelle nuove fino all'instaurarsi di un nuovo equilibrio; questa fase si concluse negli anni 1670-80 con la scomparsa della peste. Essa fu seguita da un lungo periodo di transizione durato fino al 1780, caratterizzato da una generale attenuazione della virulenza delle epidemie e dal passaggio delle malattie infettive a una forma più endemica. Nel XIX sec., l'impatto psicologico e sociale del colera fu notevole, ma considerando il numero dei contagi e dei decessi, il suo effetto fu molto inferiore a quello della tubercolosi o della Grippe spagnola del 1918 che fece più di 21'000 morti, per il 70% adulti tra i 20 e i 49 anni. Un'epidemia di colera a Basilea Città nel 1855 fece 203 morti su 387 persone contagiate, mentre nel cant. Zurigo nel 1867 perirono 499 persone su 771 casi registrati. La prepotente affermazione dell'Aids (5154 decessi dichiarati dal 1983 al maggio del 2002) e l'assenza per il momento di terapie per sconfiggere la malattia hanno fatto riemergere dinamiche appartenenti a un passato che si credeva sepolto.