L'imposta sul valore aggiunto (IVA) è un'imposta generale sul consumo che dal 1995 la Conf. riscuote in sostituzione dell'Imposta sulla cifra d'affari (ICA). L'IVA è stata accettata nella votazione popolare del 28.11.1993, dopo che i precedenti progetti di legge erano stati respinti dal popolo e dai cant. (1977, 1979 e 1991). Il concetto dell'IVA è essenzialmente analogo al sistema dell'imposta sul fatturato dell'Unione europea (a parte l'aliquota). Colpisce le forniture di beni e servizi precedentemente non gravati dall'ICA. Vengono inoltre tassati il consumo proprio sul territorio sviz., l'ottenimento di prestazioni di servizi da imprese con sede all'estero e l'importazione di beni. Concepita come imposta onnifase con deduzione dell'imposta precedente, l'IVA (a differenza dell'ICA) è riscossa a ogni fase del processo produttivo e distributivo. Sono quindi soggette all'obbligo di pagare l'imposta tutte le imprese che partecipano alla produzione di beni o alla fornitura di servizi, siano esse fabbricanti, commercianti, artigiani o imprese di costruzione. Nel 2011 le imprese con una cifra d'affari non inferiore ai 100'000 frs. e quindi soggette all'imposta sul valore aggiunto erano più di 331'000. Sono escluse dall'IVA in particolare le cure mediche nell'ambito della medicina umana, le prestazioni fornite da ist. assistenziali nonché quelle fornite da case per anziani, case di riposo e case di cura, le attività nel campo dell'educazione, dell'insegnamento, della formazione, del perfezionamento e della riqualificazione professionale, le prestazioni di servizi culturali nell'ambito di teatri, cinema, musei, biblioteche e dello sport, le operazioni nell'ambito di assicurazioni, concessione di crediti e quelle relative ai pagamenti e al commercio in titoli ma anche la locazione di fondi.
Come previsto fin dall'inizio, nel 1999 l'aliquota originaria del 6,5% è stata aumentata dell'1% per il finanziamento dell'AVS; il tasso è stato poi aggiornato al 7,6% nel 2001 per garantire il finanziamento della nuova trasversale ferroviaria alpina e all'8% nel 2011 per finanziare l'assicurazione contro l'invalidità. Un'aliquota ridotta del 2,5% si applica dal 2011 (era del 2% nel 1995), fra l'altro, sulle forniture di acqua trasportata in condotte, prodotti commestibili e bevande (a parte le bevande alcoliche), piante e fiori recisi, medicamenti, giornali, riviste e libri. Un'aliquota speciale del 3,8% (3% nel 1996) è prevista per le prestazioni nel settore alberghiero. Nel 2010 il gettito dell'IVA ammontava a 20,7 miliardi di frs.; esso corrisponde in media al 35-38% delle entrate fiscali della Conf. Un tentativo di introdurre un'aliquota unica e semplificare il sistema è fallito nel 2011.