Il 21.11.1806 Napoleone I impose al continente europeo, completamente sotto l'influsso franc., un blocco economico rivolto contro la Gran Bretagna, che rimase in vigore fino al 1813. Il divieto di commercio per i prodotti dell'industria britannica e delle sue colonie, e la sospensione dell'esportazione di cereali nelle isole britanniche avevano lo scopo di mettere in ginocchio il principale avversario della Francia. La Gran Bretagna reagì con il blocco, nel 1807, dei porti della Francia e dei suoi alleati. L'economia britannica non fu di fatto particolarmente danneggiata neppure dall'inasprirsi del blocco nel 1810, peraltro continuamente indebolito da licenze speciali di importazione ed esportazione, e dal contrabbando. La Svizzera della Mediazione fu toccata dalle misure protezionistiche di Bonaparte, finalizzate all'eliminazione della concorrenza straniera, già prima della dichiarazione del blocco: le esportazioni di cotoneria verso la Francia vennero dapprima colpite dall'introduzione di dazi elevati (29.10.1803) e poi vietate con un atto (22.2.1806) che proibì anche il transito attraverso la Francia di manufatti sviz. destinati alla Spagna. Nel 1804 Napoleone aveva inoltre proibito l'importazione nei 19 cant. della canapa e del lino provenienti dal Belgio e dall'Alsazia e nel 1805 quella della seta grezza piemontese. Dopo infruttuosi passi diplomatici in favore dell'Industria tessile, il 5.7.1806 la Dieta anticipò di fatto il blocco continentale e si allineò al divieto franc. di importazione per i prodotti di commercio britannici; solo l'importazione di filato a macchina, prodotto fondamentale per la fabbricazione tessile sviz., fu resa possibile dall'approvazione del governo franc. L'applicazione del divieto venne affidata ai cant. di frontiera e il traffico commerciale ai confini settentrionali e orientali limitato a soli 13 posti di dogana. Negli anni successivi il Cotone grezzo indispensabile alla sopravvivenza dell'industria tessile giunse in Svizzera quasi esclusivamente da Levante. Commercianti come il basilese Christoph Merian (1769-1848) procuravano per vie traverse, a Francoforte e Lipsia, zucchero, caffè e altri coloniali.
Con il decreto Trianon (5.8.1810) ebbe inizio la seconda fase del blocco: tutti i coloniali, con l'eccezione di quelli franc., vennero gravati da un dazio che poteva raggiungere anche il 50% del loro valore. Il decreto di Fontainebleau (19.10.1810) ordinò di bruciare pubblicamente i prodotti inglesi; questa misura trovò effettiva applicazione nel principato di Neuchâtel. Tribunali speciali combattevano il traffico di contrabbando. Il sequestro di coloniali e manufatti inglesi, e un embargo imposto dall'Italia, dal Baden, dal Württemberg e dalla Baviera, che vietava l'esportazione in Svizzera di coloniali e cotone levantino, portarono a un crollo dell'occupazione nella Svizzera orientale (spec. nel Toggenburgo) e alla rovina di diverse case commerciali basilesi e zurighesi. Il 31.10.1810, con l'approvazione di Napoleone, truppe it. occuparono il cant. Ticino con il pretesto di combattere il contrabbando. In questa situazione, che minacciava l'esistenza stessa della Conf., il Landamano della Svizzera, Niklaus Rudolph von Wattenwyl, creò un'amministrazione centrale delle dogane al confine di Stato; la Dieta formalizzò questa misura (che rimase in vigore fino al 1813) il 18.7.1811. L'importazione fu ancora possibile solo attraverso 24 stazioni doganali; il glaronese Niklaus Heer fu designato quale sovrintendente dei posti di confine della Conf. In seguito a un appello urgente in cui segnalava la precaria situazione economica dei 19 cant., von Wattenwyl ottenne nel dicembre del 1810 che Napoleone permettesse di nuovo l'importazione di cotone dal Levante e nel 1811 che gli Stati della Conf. renana abolissero il loro divieto di transito.
Il blocco continentale non portò solo svantaggi all'industria tessile sviz. L'esclusione della concorrenza britannica dal mercato continentale favorì lo sviluppo di filature meccaniche di cotone in Svizzera; iniziò un periodo di espansione (1808-14) durante il quale il numero di stabilimenti aumentò a 60 nel cant. Zurigo, a 17 nel cant. San Gallo e a sette nella regione appenzellese. Imprenditori che si rifacevano al modello britannico come Johann Caspar Zellweger a Trogen o Hans Caspar Escher a Zurigo trovarono, malgrado gli ostacoli posti dai franc., nuovi sbocchi commerciali in Germania e realizzarono durante la congiuntura bellica ricavi elevati. Inoltre, il blocco rallentò il declino definitivo della filatura a mano. Dopo la caduta di Napoleone e l'abrogazione del blocco, il mercato continentale venne invaso da prodotti in cotone britannici a prezzi vantaggiosi; ciò provocò nel 1816-17 una grave crisi economica nella Conf., non in grado di tutelarsi attraverso l'adozione di misure protezionistiche.