16.3.1516 Zurigo, 13.12.1565 Zurigo, riformato, di Zurigo. Figlio di Urs Gessner, pellicciaio, e di Agathe Frick. A causa del modesto reddito del padre, trascorse buona parte della giovinezza lontano dalla casa dei genitori. Nell'ottobre del 1531 perse sia il padre sia la sua guida spirituale, Ulrich Zwingli. Dopo gli studi alle Università di Bourges e Parigi (1533-1534), lavorò per quasi due anni a Zurigo come insegnante. Nel settembre del 1537 fu nominato professore di lingua greca alla neofondata Accademia riformata di Losanna. Nel febbraio 1541 ottenne a Basilea il titolo di dottore in medicina. In seguito si stabilì nella sua città natale, guadagnandosi da vivere come medico e professore di storia naturale. I suoi scarsi redditi lo indussero di tanto in tanto a scrivere opere erudite, ciò che del resto corrispondeva alle sue inclinazioni.
Le opere di Gessner costituiscono una significativa testimonianza della sua forza creativa e della sua erudizione. Già nel 1537 pubblicò un dizionario di greco, seguito poi da altre opere filologiche, come il cosiddetto Mithridates (1555), il primo libro di linguistica comparata, o la editio princeps delle Meditationes dell'imperatore Marco Aurelio (1559). Con la Bibliotheca universalis, pubblicata nel 1545, realizzò la prima bibliografia a stampa di tutte le opere ebraiche, greche e latine conosciute fino a quel momento; fu un'opera monumentale, che rese il suo autore celebre anche al di fuori dei confini della Confederazione. I meriti di Gessner nel campo della medicina e della farmacologia emergono soprattutto dal suo Thesaurus Euonymi Philiatri (1552), che fu tradotto in diverse lingue e divenne un'opera di riferimento tra i libri di ricette mediche. Con l'Historia animalium, pubblicata tra il 1551 e il 1558, fondò la moderna zoologia descrittiva, mentre la Descriptio montis Fracti (1555) è considerata la prima opera di geografia botanica. Si interessò peraltro di botanica per tutta la vita, studiando in particolare la sessualità delle piante e le affinità tra le specie. Nelle opere di Gessner confluirono pure le sue approfondite conoscenze geologiche, che trovarono espressione soprattutto nel De omni rerum fossilium genere (1565), l'ultimo libro stampato mentre era ancora in vita. Quando morì di peste, era ormai uno studioso di fama mondiale, stimato perfino dall'imperatore cattolico Ferdinando I. La rivista specializzata Gesnerus, fondata nel 1943, è l'organo ufficiale della Società svizzera di storia della medicina e delle scienze naturali e porta il nome di Gessner latinizzato.