25.7.1818 Glarona, 8.10.1889 Lichtenegg (Bassa Austria), riformato, di Glarona. Viaggiatore esploratore in Sudamerica, collezionista, zoologo, etnologo, medico, primo diplomatico svizzero in Brasile, poi diplomatico in Austria.

Figlio di Johann Jakob von Tschudi, commerciante e Consigliere, e di Anna Maria nata Zwicky, dell'omonima famiglia dirigente glaronese, Johann Jakob von Tschudi era fratello di Iwan, Friedrich e Anna Katherina von Tschudi; nel 1835 quest'ultima sposò Christoph Zollikofer. Von Tschudi studiò scienze naturali e medicina dapprima a Zurigo (dal 1836), tra gli altri con Heinrich Rudolf Schinz, e poi a Neuchâtel (dal 1837), in particolare con Louis Agassiz. Fu legato da intima amicizia a Alfred Escher. Autore di studi sui sauri (1837) e sui batraci (1838), nel 1838 conseguì il dottorato in scienze naturali all'Università di Zurigo. Su incarico del Museo di storia naturale di Neuchâtel, inaugurato nel 1837 da Louis Coulon, dal 1838 al 1842 intraprese un primo viaggio in America latina (Cile e Perù) per studiare la fauna e costituire una collezione di reperti (musei). La spedizione fu sostenuta finanziariamente da famiglie di imprenditori, quali i Coulon, di Neuchâtel, e i de Grenus, di Ginevra. Al rientro proseguì le proprie ricerche a Berlino, Würzburg (dottorato in medicina nel 1844) e Vienna. Dal 1848 visse come proprietario terriero e medico sul Jakobshof nella Bassa Austria. Nel 1849 sposò Ottilie Schnorr von Carolsfeld, figlia di Ludwig Ferdinand Schnorr von Carolsfeld, pittore e conservatore della pinacoteca reale nel castello di Belvedere a Vienna, e di Karoline nata von Jankwitz. La coppia ebbe un figlio, lo storico dell'arte Hugo von Tschudi.

Da zoologo e collezionista, von Tschudi si trasformò in antropologo, etnologo, studioso di storia culturale e di arte venatoria nonché glottologo, pubblicando contributi scientifici in tutti questi ambiti. Le sue opere Untersuchungen über die Fauna Peruana (diversi volumi, 1844-1846), Peru. Reiseskizzen aus den Jahren 1838-1842 (due volumi, 1846; traduzione inglese, 1847), Antigüedades Peruanas, in collaborazione con Mariano Eduardo de Rivero (due volumi, 1851; traduzione inglese, 1855; francese, 1859) e Die Kechua-Sprache (1853) figurano tra i testi fondamentali dei primi studi peruanistici. Nel 1848 a Vienna von Tschudi sostenne le cerchie aristocratiche reazionarie e asserì la legittimità dell'uso della violenza contro i rivoluzionari, che nella sua pubblicazione Wiens Oktobertage (1849), uscita in forma anonima, qualificò di incivili e incolti. Curò inoltre la riedizione (1858-1865) del più noto manuale di argomento venatorio in lingua tedesca del XIX secolo (Handbuch für Jäger, Jagdberechtigte und Jagdliebhaber, prima edizione 1805-1820) di Georg Franz Dietrich aus dem Winckell (caccia).
Nel 1857-1858 compì un secondo viaggio in Sudamerica, che lo condusse dal Brasile, all'Argentina e attraverso le Ande in Cile, Bolivia e Perù. Durante le sue spedizioni, von Tschudi raccolse numerosi reperti e artefatti. Nel 2024 nel Museo di storia naturale di Neuchâtel erano conservati 600 pezzi riportati da von Tschudi e nel Museo storico di Berna una cinquantina; comprendono non solo esemplari zoologici, ma anche beni culturali e resti umani. Questi ultimi furono venduti da von Tschudi anche a istituzioni scientifiche, ad esempio in Germania. Nel 1929 il Museo storico di Berna entrò in possesso di una figurina della cultura Pucarà (nota come Ekeko), di cui von Tschudi si era appropriato in maniera subdola nel 1858 in prossimità del sito rituale di Tiahuanaco (Bolivia), luogo sacro degli Aymara.

Durante un terzo viaggio (1860-1862) von Tschudi negoziò in veste di inviato straordinario della Svizzera in Brasile (diplomazia) una convenzione consolare (1861), che doveva migliorare le condizioni di vita delle famiglie indebitate di coloni svizzeri che lavoravano come mezzadri. Al rientro pubblicò Reisen durch Südamerika (cinque volumi, 1866-1869), in cui descrisse in maniera spregiativa le popolazioni autoctone e le persone ridotte in schiavitù di origini africane. Criticò la schiavitù in Brasile, deplorò la mescolanza delle «razze» (razzismo) e si espresse negativamente anche sulle e sui migranti svizzeri e tedeschi dei ceti più bassi. In un rapporto del Consiglio federale (2 dicembre 1864) in merito a una mozione di Wilhelm Joos, che chiedeva di vietare agli Svizzeri in Brasile di acquistare o vendere persone schiavizzate, fu riportato che von Tschudi era contrario all'adozione di sanzioni nei confronti dei proprietari di piantagione perché si sarebbe trattato di un «atto di violenza». Incaricato d'affari svizzero dal 1866, fu poi inviato straordinario e ministro plenipotenziario (1868-1882) a Vienna. Fu anche autore di una traduzione dal quechua del dramma Ollanta (1875) e dello studio glottologico Organismus der Khetšua-Sprache (1884).
I lavori di von Tschudi sulla zoologia, sull'etnolinguistica e sull'archeologia sudamericane sono ancora consultati e apprezzati da specialisti e specialiste del campo. Uno dei primi viaggiatori svizzeri a recarsi in America latina nel XIX secolo, membro dell'élite erudita ben inserito nella rete europea della comunità scientifica, con i suoi contributi von Tschudi influenzò l'immagine coeva delle società sudamericane, che qualificò di retrograde e decadenti (colonialismo). Il suo senso di superiorità si fondava su una visione classista e razzista del mondo; durante i suoi viaggi di esplorazione imponeva la propria autorità, non da ultimo, affermando la sua virilità come cacciatore e ricercatore. Nel 2014 il Museo storico di Berna ha restituito la cosiddetta figurina Ekeko al popolo boliviano. Altri oggetti raccolti da von Tschudi e portati in Europa, tra cui mummie e teschi, si trovano ancora nelle collezioni di istituzioni svizzere.