13.3.1720 Ginevra, 20.5.1793 Ginevra, riformato, di Ginevra. Figlio di Pierre Bonnet, membro del Consiglio, e di Anne-Marie Lullin de Châteauvieux. Cugino di Abraham Trembley, Jacques-André Trembley e Jean Trembley. (1755) Marie-Jeanne De la Rive, figlia di Horace-Bénédict De la Rive, avvocato, uditore e membro del Piccolo Consiglio. Cognato di Nicolas de Saussure. A partire dal 1766 Bonnet, che sin da giovane soffrì di crescenti disturbi alla vista e all'udito, visse nella residenza di campagna dei suoceri a Genthod, dove si dedicò ai suoi studi. Dal 1752 al 1768 fu membro del Consiglio dei Duecento (Gran Consiglio). Membro o socio corrispondente di varie Accademie d'Europa, apparteneva alla scuola ginevrina del XVIII secolo, che era in contatto con le principali correnti filosofiche europee (filosofia).

Su Bonnet ebbero un influsso determinante i suoi professori d'Accademia Jean-Louis Calandrini e Gabriel Cramer. Dietro loro consiglio, nel 1737 avviò una corrispondenza con il naturalista francese René-Antoine Ferchault de Réaumur incentrata sull'osservazione dei bruchi di processionaria. Le opere Spectacle de la nature di Noël-Antoine Pluche, Bible de la nature di Jan Swammerdam e Mémoires sur les insectes di Réaumur lo stimolarono a interessarsi all'entomologia. Nel 1743 portò comunque a termine gli studi di diritto, avviati su pressione del padre nel 1739, conseguendo il dottorato. Grazie alla sua dimostrazione empirica della partenogenesi degli afidi, su proposta di Réaumur divenne il più giovane membro corrispondente dell'Accademia delle scienze di Parigi. Per Bonnet era quindi fuori dubbio che la Bibbia aveva ragione e che tutti gli organismi (esseri animati, «germi») furono generati simultaneamente, in un unico atto creatore; ciascuno cominciava, però, a svilupparsi e divenire visibile solo in un momento predeterminato della storia della Terra (preformismo, ovismo). La sua filosofia sensualistico-spiritualista propagava l'immortalità del «germe», cioè del corpo luminoso o etereo, privo d'espansione, contenuto nella «sede dell'anima» (corpo calloso), memoria di tutte le «impressioni» (une neurologie en miniature) a garantire l'unicità di ogni individuo. Le idee e rappresentazioni deriverebbero da esperienze sensoriali nelle fibre del cervello, sostrato fisiologico dei processi intellettuali (psicologia delle fibre).
Nel 1745 e nel 1754 apparvero le opere di Bonnet dedicate alla fisiologia animale e vegetale: dapprima il Traité d'insectologie, in due volumi, – che tratta, tra altro, della facoltà di rigenerazione dei vermi, un tema approfondito nelle Œuvres d'histoire naturelle et de philosophie (1779-1783) – poi Recherches sur l'usage des feuilles dans les plantes, un lavoro preliminare sulla fotosintesi (botanica). L'uscita nel 1754 a Leida del suo Essai de psychologie, pubblicato in forma anonima e datato 1755, marcò la svolta di Bonnet verso temi legati alla filosofia della natura. Nel 1760 pubblicò l'Essai analytique sur les facultés de l'âme, in cui sviluppò una teoria della conoscenza, analogamente a Etienne Bonnot de Condillac, al quale replicò, come pure all'autore anonimo (egli stesso) dell'Essai de psychologie, riprendendo l'immagine della statua che si anima per stadi successivi e criticando il loro concetto di libertà. Le Considerazioni sopra i corpi organizzati (italiano 1781, francese 1762) nel 1763 gli valsero una menzione dell'Accademia di Berlino. Con Contemplazione della natura (italiano 1769, francese 1764), opera tradotta in molte lingue, Bonnet acquisì notorietà al di fuori del mondo scientifico. In uno scritto del 1936, La grande catena dell'essere, Arthur Oncken Lovejoy definì La palingénésie philosophique (1769), l'ultimo lavoro metafisico di vasto respiro di Bonnet, «uno degli esempi più straordinari di combinazione speculativa di elementi diversi nella storia della scienza e della filosofia» e «un intreccio, ancor più elaborato che in Leibniz, di geologia, embriologia, psicologia e metafisica volto a comporre un quadro complessivo della storia passata e futura del nostro pianeta e degli esseri viventi». La maggior parte delle opere di Bonnet fu tradotta in tedesco; la Palingénésie, la summa del suo sistema filosofico, da Johann Kaspar Lavater nel 1769-1770.