3.1.1752 Sciaffusa, 29.5.1809 Kassel (Assia), riformato, di Sciaffusa. Figlio di Johann Georg Müller, pastore riformato, insegnante alla scuola latina e professore al Collegium humanitatis di Sciaffusa, e di Anna Maria nata Schoop. Fratello di Johann Georg Müller. Celibe. Studiò teologia all'Università di Gottinga (1769-1771); verso la fine degli studi, influenzato dallo storico August Ludwig Schlözer, si rivolse alla storia generale. Tornato a Sciaffusa, fu professore di greco al Collegium humanitatis (1772). Nel 1773 aderì alla Società elvetica (1773), dove fece conoscenza con Karl Viktor von Bonstetten, che gli procurò un impiego presso Jacob Tronchin a Ginevra (1774). In questa città Müller fu attivo come precettore, tra l'altro presso Jean Robert Tronchin, e frequentò la cerchia di Charles Bonnet; nel 1779-1780 tenne corsi di storia generale. Nel 1780 pubblicò a Berna il primo volume della sua opera principale, Die Geschichten der Schweizer, con il falso luogo di stampa di Boston. Nel 1780-1781 compì un viaggio a Berlino. Fu professore di storia e statistica al Carolinum di Kassel (1781-1782) e vicebibliotecario con il titolo di consigliere (1782-1783). Dal 1782, per influsso di Johann Gottfried Herder, si distanziò dall'Illuminismo razionalista e sviluppò una visione della storia di impostazione provvidenziale e teologica. Divenne membro della Società antiquaria di Kassel e dell'Accademia delle scienze di utilità pubblica di Erfurt. Per breve tempo fece parte dell'ordine degli Illuminati e dei Rosacroce. Precettore a Ginevra nel 1783, fu poi studioso privato a Valeyres-sous-Rances nella tenuta di campagna di von Bonstetten (1784-1785). Dopo aver tenuto corsi all'Accademia di Berna (1785-1786), grazie a Christian Gottlob Heyne divenne primo bibliotecario a Magonza (1786), consigliere aulico nonché consigliere segreto di legazione e dal 1788 stretto collaboratore del principe elettore e arcivescovo Friedrich Karl Joseph von Erthal. Fu inviato dapprima a Roma (1787), per ottenere il consenso del papa alla nomina a coadiutore del barone Karl Theodor von Dalberg, poi in Svizzera, per convincere i Confederati ad aderire alla Lega dei principi (nata nel 1794 per contrastare le ambizioni dell'imperatore Giuseppe II sulla Baviera). Portatore del titolo di Consigliere di Sciaffusa dal 1788 al 1798, nel 1791 l'imperatore Leopoldo II gli conferì il titolo nobiliare. Dopo la caduta di Magonza si trasferì a Vienna (1792), dove fu consigliere aulico presso la cancelleria segreta di corte e di Stato (1793) e primo conservatore della biblioteca di corte (1800). Nel 1797 l'attività diplomatica lo condusse nuovamente in Svizzera. Nel 1804 si trasferì a Berlino quale storiografo per la casa di Brandeburgo. Ammesso all'Accademia delle scienze di Berlino, collaborò alla pubblicazione delle opere di Herder. Nel 1807 Napoleone I, di cui Müller era stato avversario fino al 1806, lo nominò segretario di Stato dei ministri del regno di Vestfalia a Kassel, dove dal 1808 fino alla morte fu in carica come direttore generale dell'istruzione pubblica.
Fu autore di una Storia universale divisa in ventiquattro libri uscita postuma e incompiuta nel 1810 (traduzione italiana del 1819-1920). In qualità di storico universale non fu autore di contributi particolarmente incisivi; la sua colorita rappresentazione della storia medievale della Confederazione (in cinque parti, 1786-1808, tradotta in francese da Charles Monnard) e il suo attaccamento ai miti di fondazione della Svizzera influenzarono invece in misura determinante la storiografia del XIX secolo e la percezione popolare della storia svizzera. Come uomo di Stato e prolifico pubblicista si adoperò a favore dell'equilibrio dei poteri e del federalismo in Svizzera, nell'Impero e in Europa. Attivo sostenitore dei giovani scienziati, fu anche un importante corrispondente e critico con una cerchia di amici internazionale. Intellettuale, cosmopolita e uomo di lettere poliglotta, Johannes von Müller affascinò storici, studiosi di letteratura e artisti del XIX e XX secolo.