Per garantire la competitività della Svizzera, dal 1948 rappresentanti di tutte le Università, dei Politecnici federali e delle ass. mantello scientifiche elaborarono un progetto di un fondo nazionale per la promozione della Ricerca scientifica. Sottoposto al Consiglio fed. nel 1950, il progetto si concretizzò nel 1952 con la costituzione del Fondo nazionale sviz. per la ricerca scientifica (FNS). Fondazione di diritto privato, l'organo supremo del FNS è costituito dal Consiglio di fondazione, composto da rappresentanti delle org. scientifiche, delle autorità politiche e del mondo economico. Le funzioni esecutive vennero affidate al Consiglio nazionale per la ricerca, inizialmente composto da 11 membri in rappresentanza delle principali discipline scientifiche. Entro il 2010 il loro numero è aumentato a 100, tra cui 19 donne. Il compito principale del Consiglio nazionale per la ricerca è la valutazione di tutte le richieste di finanziamento per progetti di ricerca, sussidi di pubblicazione e borse di ricerca. A tale scopo, nel 1965 furono istituite tre divisioni (scienze umane e sociali; matematica, scienze naturali e ingegneria; biologia e medicina), a cui nel 1975 se ne aggiunse un'altra per i programmi di ricerca nazionali.
Nei primi 16 anni il FNS, sotto la presidenza di Alexander von Muralt, si dedicò principalmente alla costituzione di una struttura per la ricerca negli ist. di formazione superiore. In seguito all'introduzione delle sovvenzioni fed. per le Univ. cant., nel 1968 il FNS modificò diversi aspetti della propria politica di sostegno. Vennero notevolmente rafforzati gli aiuti ai giovani ricercatori e ampliato il segretariato, diretto da un segretario generale; inoltre fu deciso di evitare in futuro l'assunzione di impegni a tempo indeterminato. Nel 1975 al FNS venne anche attribuito il compito di attuare programmi nazionali di ricerca, creando così uno strumento di sostegno mirato alle ricerche di interesse nazionale. Nel 1991 sono stati inoltre istituiti i programmi prioritari di ricerca, in modo da permettere al mondo scientifico sviz. di rimanere agganciato agli sforzi compiuti sul piano intern. in alcuni settori chiave. Nel 2000 questi programmi prioritari sono stati sostituiti dai poli di ricerca nazionali, creati con l'obiettivo di produrre effetti strutturali sul lungo periodo. Nell'anno della sua fondazione (1952), il FNS ottenne 2 milioni di frs. dalla Conf.; in seguito i contributi fed. sono progressivamente aumentati (100 milioni di frs. nel 1974, 200 milioni di frs. nel 1987). Negli anni 1990-2000, le sovvenzioni ordinarie della Conf. ammontavano a ca. 350 milioni di frs. annui, mentre nel 2010 il budget del FNS si aggirava attorno a 800 milioni di frs.