L'affare Jetzer è una disputa teologica e politica degli anni 1507-1509 che ha preso il nome dal garzone di sartoria Hans Jetzer (ca. 1483-ca. 1514). Nel 1506 Jetzer entrò come converso nel convento dei domenicani di Berna, dove, nella prima metà del 1507, gli apparve diverse volte la Vergine Maria, accompagnata dalle sante Barbara, Cecilia, Caterina da Siena e da Bernardo da Chiaravalle. Nella notte tra il 24 e il 25 giugno 1507 la Pietà nella chiesa del convento avrebbe inoltre pianto lacrime di sangue. Queste visioni sostenevano la posizione dei domenicani che, contrariamente ai francescani, rifiutavano la dottrina dell'Immacolata Concezione di Maria. La disputa sul concepimento immune dal peccato originale della Vergine costituì una delle controversie teologiche più salienti del tardo Medioevo.
I resoconti di Jetzer su esperienze spirituali, accompagnate da peculiari rappresentazioni sceniche, ebbero serie conseguenze giuridiche. L'apparizione di una Madonna incoronata sul pontile della chiesa dei domenicani nell'autunno del 1507 spinse il Consiglio di Berna a consegnare Jetzer al vescovo di Losanna, che lo interrogò fino a Natale. In seguito fu riportato a Berna, dove durante un ulteriore interrogatorio nel febbraio del 1508 sotto tortura accusò i suoi superiori – il lettore Stephan Boltzhurst, l'amministratore Heinrich Steinegger, il priore Johann Vatter e il sottopriore Franz Ueltschi – di avere inscenato queste apparizioni. Nel seguente processo principale, tenutosi a Berna dal 26 luglio al 7 settembre 1508, oltre a Jetzer vennero incolpati anche i quattro superiori del convento. I vescovi di Losanna e di Sion, Aymon de Montfalcon e Matthäus Schiner, e temporaneamente anche il capo della provincia teutonica, Petrus Sieber, agirono come giudici. Nel corso dell'inchiesta venne alla luce che il raggiro era stato ideato durante il capitolo provinciale tenutosi nel maggio del 1506 a Wimpfen nel Württemberg. Non si giunse però a una sentenza definitiva poiché i due vescovi non erano dello stesso avviso: de Montfalcon chiedeva l'internamento a vita dei domenicani, Schiner la loro condanna a morte. In un processo di appello autorizzato da papa Giulio II, celebrato nel maggio del 1509 a Berna in cui il nunzio apostolico Achille de Grassi funse da giudice a latere, i quattro superiori del convento furono condannati alla pena di morte per eresia (eretici), sacrilegio, avvelenamento, idolatria (miracolo eucaristico e profanazione dell'ostia) e magia nera, destituiti e consegnati alle autorità laiche (tribunali). Il Piccolo Consiglio di Berna confermò la condanna al rogo dei domenicani, giustiziati sulla Schwellenmatte il 31 maggio 1509. Condannato all'espulsione a vita, il 25 luglio 1509 Jetzer riuscì tuttavia a fuggire dal carcere.
L'affare Jetzer fece scalpore non solo tra i contemporanei nella città di Berna e nella Confederazione, come testimoniano in particolare le descrizioni nelle cronache di Valerius Anshelm e Diebold Schilling. Sullo sfondo della controversia sull'Immacolata Concezione assunse una rilevanza anche sovraregionale, come dimostra, tra l'altro, l'ampia diffusione di scritti sul caso (Jetzerliteratur), in particolare i testi stampati di Thomas Murner. A ispirare le apparizioni narrate da Jetzer fu probabilmente il Mariale del frate francescano italiano Bernardino Busti, pubblicato negli anni 1490, in cui si affermava che v'erano numerosi miracoli a prova dell'Immacolata Concezione della Vergine, ma nessuno a favore della tesi «maculista». Nel corso della Riforma l'affare Jetzer fu di nuovo dibattuto pubblicamente e portato dalla parte riformata come esempio per la depravazione del monachesimo tardomedievale. Non si può tuttavia stabilire un nesso diretto tra l'affare Jetzer e l'introduzione della Riforma a Berna nel 1528, anche perché negli anni 1510 influenti esponenti dell'élite bernese tentarono di riabilitare l'ordine con importanti fondazioni a favore della chiesa dei domenicani, in primo luogo la danza macabra di Niklaus Manuel.
Nella storiografia, dalla fine del XIX secolo fu soprattutto indagata la questione della colpevolezza legata alla condanna dei superiori del convento. Nel 1897 lo storico della Chiesa tedesco Nikolaus Paulus definì la sentenza a morte dei domenicani un assassinio giudiziario e Jetzer l'unico colpevole. Gli atti dei tre processi dell'affare furono pubblicati nel 1904 da Rudolf Steck, che, come la maggioranza degli storici bernesi del XX secolo, in merito alla colpevolezza delle persone coinvolte seguì in ampia misura la tesi di Paulus. A sfavore di quest'ultima parlano l'elevato livello teologico delle apparizioni descritte, verosimilmente non corrispondente a quello del semplice frate, e le modifiche edilizie apportate agli edifici conventuali (cella e stanzetta di Jetzer, abitazione del priore) nel periodo in cui avvennero i fatti. Studi più recenti indicano quindi Jetzer quale vittima di una cospirazione ordita dai dirigenti dell'ordine religioso.