Già prima e durante la seconda guerra mondiale fisici nucleari sviz. come Paul Scherrer si occuparono dell'utilizzazione dell'Energia atomica per scopi militari e civili. La questione delle armi atomiche venne affrontata per la prima volta il 3.9.1945 dalla commissione della difesa nazionale e il 5.11.1945 da una conferenza convocata dal Dip. militare fed. (DMF, oggi DDPS). Nel 1946, su iniziativa del Dip. militare, il Consiglio fed. istituì una commissione di studio per le questioni nucleari, incaricata di vagliare anche le possibilità della Svizzera di dotarsi di armi atomiche. Negli anni 1953-55 trattative segrete condotte con Belgio e Gran Bretagna permisero alla Svizzera di procurarsi, a titolo precauzionale, 10 t di uranio (di cui oltre 5 come riserva militare di guerra). Gli armamenti nucleari delle grandi potenze e i progetti atomici di Stati neutrali come la Svezia avviarono, a partire dal 1954, un ampio dibattito nelle cerchie militari sull'opportunità di un armamento atomico della Svizzera; nel 1957 la Soc. sviz. degli ufficiali chiese che l'Esercito venisse dotato di tali armi.
Nel 1958, sotto la pressione della minaccia sovietica, il Consiglio fed. accolse la domanda di armamento nucleare e chiese al Dip. militare di studiarne le implicazioni; tale posizione suscitò immediate opposizioni nell'opinione pubblica. Movimenti pacifisti e di ispirazione religiosa lanciarono nel 1959 un'iniziativa popolare per la proibizione delle armi nucleari (Movimenti antinucleari); il partito socialista sviz., diviso sulla questione - anche perché il suo pres., Walter Bringolf, era favorevole all'armamento atomico - ne presentò un'altra che postulava l'approvazione popolare per l'equipaggiamento dell'esercito sviz. con armi nucleari. Dopo un acceso dibattito pubblico, il 1.4.1962 e il 26.5.1963 popolo e cant. respinsero entrambe le iniziative a larga maggioranza (in proporzione di 2 a 1); uscito rafforzato dall'esito del voto, il Dip. militare creò un gruppo di studio per determinare l'opportunità dell'acquisto o della produzione in proprio di armi atomiche tattiche.
Tuttavia già nello stesso 1963 il contesto del problema cambiò radicalmente: in quell'anno la Svizzera firmò l'accordo per il blocco parziale degli esperimenti nucleari; anche i negoziati per un trattato di non proliferazione delle armi atomiche sembravano essere proficuamente avviati. Dalla metà degli anni '60, il Consiglio fed. considerò la non proliferazione di armi atomiche e l'armamento convenzionale dell'esercito più importanti, nella politica di sicurezza, che non lo sviluppo di un sistema di armi atomiche sviz.; inoltre, si cominciava a nutrire dubbi sull'efficacia militare delle armi atomiche tattiche. Se in un primo momento le discussioni in ambito militare si erano rivolte prevalentemente agli aspetti tecnico-tattici, dalla metà degli anni '60 pubblicisti come Gustav Däniker ne affrontarono gli aspetti politico-operativi. Nel 1969 la Svizzera firmò il trattato di non proliferazione nucleare (approvato solo nel 1976, a causa delle resistenze espresse dal Consiglio degli Stati), ma il Consiglio fed. si riservò l'opzione atomica nell'eventualità che il trattato fallisse. A partire dal 1969, l'aggiornamento permanente del bagaglio tecnico della Svizzera, considerata "paese-soglia in campo atomico", venne affidato alla commissione di lavoro sulle questioni atomiche dello Stato maggiore generale. L'opzione atomica, ancora presente nel rapporto 1966 sulla Difesa nazionale, non venne più menz. nel rapporto sulla Politica di sicurezza formulato nel 1973. Negli anni '80 i progetti nucleari vennero definitivamente abbandonati: abolito il segreto sulle riserve d'uranio destinate a scopi civili nel 1981, nel 1988 la commissione istituita nel 1969 venne sciolta dal Consiglio fed. Nel 1995 la Svizzera ha sottoscritto la proroga a tempo indeterminato del trattato di non proliferazione nucleare, che stabilisce il divieto assoluto di compiere test nucleari e prevede un efficiente dispositivo di controllo, e nel 1996 ha aderito all'accordo intern. per l'interdizione totale degli esperimenti nucleari.