Per medicina naturale, detta anche alternativa, parallela o complementare, si intende in generale un insieme di pratiche terapeutiche vicine alla natura basato sulle virtù curative della luce, dell'aria, dell'acqua, della dietetica e degli esercizi fisici e sulle sostanze attive direttamente presenti nell'ambiente (per esempio piante medicinali e minerali), come pure sui metodi di cura psicosomatici e bioenergetici (quali la meditazione e il magnetismo curativo), differenziandosi così dalla Medicina cosiddetta classica o tradizionale. Quest'ultima rappresenta la medicina ufficiale, insegnata nelle Univ., che pur riferendosi a sua volta alle leggi naturali, attualmente è prevalentemente orientata verso i trattamenti materiali e tecnici (medicamenti chimici e sintetici, chirurgia, ecc.).
La medicina naturale cerca nella maggioranza dei casi di esercitare in primo luogo un'azione regolatrice sull'organismo, stimolando cioè i poteri curativi nel corpo stesso del paziente. Anche questo approccio è in contrasto con la medicina ufficiale che conosce metodi per stimolare il sistema immunitario, come per esempio la vaccinazione, ma per il resto adotta principalmente misure per combattere i sintomi. Tuttavia la differenza più netta tra medicina classica e naturale risulta dalla concezione molto diffusa nella naturopatia di un'energia vitale che circola in tutto il corpo e che prevale sulla biologia puramente materiale dell'organismo. Questa energia regolatrice, agente sempre come un tutt'uno e direttamente legata alla psiche, sarebbe il fattore responsabile del mantenimento della salute (medicina olistica bioenergetica).
Fu solo con la rivoluzione tecnica e industriale, iniziata nel XIX sec. nel solco dell'Illuminismo, che divenne possibile operare una distinzione chiara fra medicina naturale e medicina scientifica. Opponendosi alla dottrina medica del suo tempo, Paracelso fu uno dei primi a osservare con precisione i fenomeni naturali, dando nel XVI sec. importanti impulsi alla futura medicina scientifica. Rimase tuttavia fortemente legato alla sua idea di una forza vitale globale (Medicina popolare), radicata in ultima analisi nell'Alchimia. Nello stesso tempo fu un precursore dell'Omeopatia, un metodo curativo fondato attorno al 1800 dal medico tedesco Samuel Hahnemann. A metà del XVIII sec. Michel Schüppach, medico in un villaggio dell'Emmental, praticò con successo la diagnostica urinaria intuitiva, ma fu anche un chirurgo eccellente secondo i parametri dell'epoca. Già nella prima metà del XIX sec. Franz Anton Mesmer si collocò, con il magnetismo terapeutico, nella nascente controversia tra il suo metodo (basato sull'energia vitale e sui fluidi) e la medicina classica, sempre più legata a parametri puramente materiali e razionali. Anche l'omeopatia, al cui sviluppo molti medici sviz. parteciparono con contributi notevoli, fu confinata nella zona d'ombra della medicina alternativa.
Verso la fine del XIX sec. nelle città nacque il movimento per la Vita sana, che promuoveva il ritorno alla natura. Uno dei suoi primi pionieri fu il praticante profano Arnold Rikli, che nell'odierna Slovenia fondò un ist. di cura costituito da padiglioni arieggiati, dove venivano applicati la terapia vegetariana e trattamenti con luce, acqua e aria. All'inizio del XX sec. i suoi obiettivi furono recepiti dai fondatori del centro di cura vegetariano sul Monte Verità ad Ascona, che divenne la punta di lancia ideologica e culturale del movimento naturista in tutto il mondo.
Il sanatorio sullo Zürichberg, fondato a Zurigo nel 1904 secondo lo stesso concetto da Maximilian Oskar Bircher, noto spec. per il Birchermüesli da lui inventato (Alimentazione), fu più importante sul piano medico. Nel 1922 il parroco erborista Johannes Künzle ottenne l'autorizzazione all'esercizio della medicina naturale nei Grigioni (Erbe medicinali). Catherine Kousmine, cittadina russa diplomata in medicina all'Univ. di Losanna, elaborò negli anni 1940-50 a Lutry una speciale dieta per la lotta contro il cancro. Arthur Vogel divulgò in Svizzera l'Echinacea, una pianta curativa nordamericana, industrializzando nel contempo la fitoterapia. Anche la medicina antroposofica (Antroposofia), frutto della dottrina di Rudolf Steiner e del movimento della medicina naturale, ha i suoi principali centri in Svizzera. Dalla metà del XX sec. l'agopuntura, parte integrante della medicina tradizionale cinese, divenne una colonna portante della medicina naturale (Sanità). Il popolo e i cant. hanno accettato nel 2009 il controprogetto diretto all'iniziativa popolare "Sì alla medicina complementare", depositata nel 2005. Ritirata a favore del controprogetto, essa chiedeva tra l'altro metodi adeguati per la valutazione dell'efficacia delle terapie complementari e il reinserimento nell'assicurazione malattia di base di cinque metodi (medicina antroposofica, omeopatia, terapia neurale, fitoterapia e medicina tradizionale cinese), inseriti a titolo provvisorio nel catalogo delle prestazioni rimborsate (1999-2005).