La condotta delle forze armate sotto la guida di un titolare unico del Comando supremo non era prevista dalla legislazione militare della vecchia Conf. (Milizie cantonali). In caso di necessità, entrava invece in funzione una direzione collegiale esercitata da un Consiglio di guerra, costituito dai Capitani responsabili delle diverse truppe cant. chiamate in servizio. Dato che la maggior parte dei capitani ricopriva in parallelo importanti cariche pubbliche, il Consiglio di guerra era in condizione di assumere anche decisioni politiche vincolanti. I Defensionali fed. del XVII sec. ne modificarono la struttura: nel 1647 quello di Wil, pur conservando la guida collegiale, introdusse per la prima volta un vero comando conf. dell'armata; ognuno dei 16 cant. e Paesi alleati era rappresentato da un ufficiale nel neoistituito Stato maggiore centrale e le cariche erano ripartite fra i cant., che dovevano designarne i titolari. L'evoluzione successiva portò al Defensionale di Baden, varato solennemente nel 1673, e quindi a una legislazione militare vincolante per tutti. Ognuno dei 16 cant. e Paesi alleati era ora rappresentato nel Consiglio di guerra da un delegato dell'autorità e dall'ufficiale di Stato maggiore con il grado più elevato. Dal momento che venne mantenuta la tradizione della direzione collegiale, il Consiglio di guerra finì con il divenire un organo superiore con competenze quasi corrispondenti a quelle di un governo fed. centrale. La divisione confessionale, tuttavia, limitò questa evoluzione; il crollo della vecchia Conf. significò anche la fine del Consiglio di guerra.
Solo durante la Restaurazione venne nuovamente istituito un Consiglio di guerra fed., incaricato della direzione degli affari militari; in tempo di pace provvedeva invece a funzioni esecutive, formative e amministrative dell'armata. Soggetto alla Dieta fed. o al cant. direttore, era composto dal pres. di quest'ultimo e da quattro membri, scelti dalla Dieta nel novero dei Colonnelli fed. Nel 1845 i sette cant. del Sonderbund costituirono un Consiglio di guerra con ampi poteri straordinari, che sopravvisse fino alla loro sconfitta nel 1847. L'istituzione del Consiglio di guerra fed. scomparve con la Costituzione fed. del 1848; prima di allora si chiamava così anche la massima autorità militare di alcuni cant.