Il diciannovesimo concilio ecumenico si tenne a Trento, la città del Sacro Romano Impero più vicina all'Italia, dal 1545 al 1563. Venne indetto da papa Paolo III su pressione dell'imperatore Carlo V, che sperava di ottenere la riunificazione religiosa della Germania. Legati pontifici presiedettero un'assemblea composta da vescovi, abati di grandi conventi, superiori di ordini religiosi e teologi, a cui assistettero inoltre diversi rappresentanti degli Stati catt. Delegati prot. parteciparono alla seconda e alla terza sessione, ma rimasero solo per breve tempo. Il Concilio aveva lo scopo di definire le posizioni catt. nei confronti del protestantesimo, avviare le necessarie riforme ecclesiastiche e, se possibile, organizzare la resistenza di fronte all'invasione turca.
La prima sessione, aperta il 13.12.1545, ebbe come oggetto i decreti sulla Sacra Scrittura, sulla tradizione, sul peccato originale, sui sacramenti e quello, importante, sulla giustificazione per fede. Per sottrarsi alla forte pressione imperiale, il Concilio venne trasferito a Bologna (11.3.1547) e poi sospeso il 14.9.1549. La seconda sessione (1.5.1551), sotto il pontificato di Giulio III, si riunì a Trento per redigere i decreti sull'eucaristia, sulla penitenza e sull'estrema unzione. L'assemblea venne sciolta il 28.4.1552 a causa della decima guerra d'Italia (1552-56). La terza sessione (18.1.1562), sotto Pio IV, promulgò i decreti sulla comunione, sul sacrificio della messa, sull'ordinazione sacerdotale e sulla venerazione dei santi e si concluse il 4.12.1563. Il papa confermò le decisioni del Concilio il 26.1.1564.
La partecipazione conf. fu modesta: Thomas Planta, vescovo di Coira, e Christoph Metzler, vescovo di Costanza, assistettero alla seconda fase. Nel 1560 Melchior Lussi, ambasciatore dei sette cant. catt., pregò Pio IV di convocare nuovamente il Concilio. Il nunzio Giovanni Antonio Volpe negoziò con i cant. l'invio di una delegazione a Trento per la riapertura dell'assemblea a Pasqua del 1561. Uri, Svitto, Untervaldo, Lucerna e Zugo vi acconsentirono solo nel dicembre del 1561, Friburgo e Soletta ancora più tardi. Lussi fu il rappresentante laico e Joachim Eichhorn, abate di Einsiedeln, fu il delegato ecclesiastico dei sette cant. al Concilio. Mark Sittich von Hohenems, cardinale e vescovo di Costanza, incaricato di presiedere l'assemblea, non si dimostrò all'altezza del compito e lasciò la città. Planta rinunciò prima di arrivare a destinazione. Il vescovo di Sion si fece rappresentare dall'abate di Saint-Maurice, Jean Miles, e quello di Basilea dal suo coadiutore Georg Hohenwarter. Lussi ed Eichhorn, a nome dei loro mandanti, accettarono i decreti conciliari nel marzo del 1564, ma le autorità dei cant. catt. si dimostrarono prudenti nella loro applicazione. La creazione della Nunziatura a Lucerna nel 1579, l'azione di Carlo Borromeo, arcivescovo di Milano e Protector Helvetiae, l'impegno di Pietro Canisio, che propagò i decreti nelle regioni di lingua ted., e quello dei gesuiti e dei cappuccini diedero un impulso decisivo alla Riforma cattolica in Svizzera. La sua introduzione richiese un certo tempo (nei seminari si affermò solo nel XVIII sec.), ma influenzò profondamente la Chiesa catt. fino al Concilio Vaticano II.