La Conf. è costituita non solo da regioni linguistiche diverse ma anche, dall'epoca della Riforma, da due grandi confessioni (Cattolicesimo, Protestantesimo). Un passo importante nella costruzione dello Stato moderno fu la convivenza pacifica tra le forze di matrice confessionale presenti nella politica conf.
In questa direzione si mossero già i trattati di Pace nazionale del periodo 1529-1712. Sia nei singoli cant. sia nella Conf. si affermò il principio della Parità confessionale e fino al XVIII sec. si svilupparono forme di Tolleranza religiosa. Nel 1798 la Costituzione della Repubblica elvetica garantì per la prima volta, all'art. 6, la libertà di coscienza. Dopo la guerra del Sonderbund (1847), la Costituzione fed. del 1848 sancì espressamente la protezione della libertà di culto, anche se circoscritta alle "confessioni cristiane riconosciute" e con la riserva del "diritto di prendere le misure proprie al mantenimento dell'ordine pubblico e della pace tra le confessioni" (art. 44, analogo all'art. 50, cpv. 2 della Costituzione fed. del 1874). L'obiettivo principale di quella norma non era ancora il diritto individuale alla libertà di credenza ma la convivenza pacifica fra le grandi confessioni cristiane; la Costituzione fed. del 1848 può pertanto essere vista come il momento di chiusura di un periodo di dissidi religiosi, che tuttavia riemersero in seguito con il Kulturkampf. Poiché la fine di quest'ultimo coincise con la revisione del testo costituzionale, anche nella Costituzione del 1874 gli art. sulla religione conservarono tratti pacificatori (Articoli d'eccezione). L'art. 49, cpv. 1 del nuovo testo dichiarava inoltre che "la libertà di credenza e di coscienza è inviolabile" (libertà di religione). Il mantenimento della pace confessionale si deve anche al contributo decisivo dato all'integrazione del Paese da parte di personalità lungimiranti. Tra queste figurano ad esempio Guillaume-Henri Dufour, che nel 1847, come generale delle truppe conf., condusse con moderazione la guerra vittoriosa contro il Sonderbund, e politici catt. conservatori come Philipp Anton von Segesser, che dopo la fondazione dello Stato fed. (1848) si impegnarono a coinvolgere nella nuova compagine politica le forze uscite sconfitte dalla guerra. Lo Stato fed. offrì inoltre ai catt. la possibilità di assumersi responsabilità politiche nei cant. conservatori; per raggiungere posizioni influenti in campo economico, tuttavia, i catt. avrebbero impiegato diversi altri decenni. La possibilità di prendere provvedimenti per limitare la libertà di religione ("per preservare la pace pubblica fra gli aderenti alle diverse comunità religiose") sopravvive in buona parte inalterata nella Costituzione fed. del 1999 (art. 72, cpv. 2).
Il mantenimento della pace confessionale nel XX sec. non va tuttavia ricondotto a simili "disposizioni d'emergenza" ma piuttosto alla libertà religiosa nelle sue manifestazioni concrete di parità e neutralità. Mentre la parità consiste in un'equiparazione positiva, materiale, delle Chiese storiche nazionali (salvo peculiarità che giustifichino eventuali differenze), la neutralità religiosa segna - in una fase avanzata di Decristianizzazione - il passaggio di ambiti importanti dell'ordinamento giur. (pubblica istruzione, registri di stato civile, sepolture ecc.) dalle Chiese allo Stato (art. 27, cpv. 2-4, art. 53 e art. 54, cpv. 1-2 della Costituzione fed. del 1874). Alla pace confesionale ha contribuito infine, a partire dal Concilio Vaticano II (1962-65; Concili Vaticani), l'Ecumenismo fra le Chiese.
Di fronte alla mescolanza interculturale e alla laicità crescenti della società acquista importanza la trasformazione della tradizionale pace confessionale in convivenza pacifica fra le religioni. Il processo coinvolge ambiti diversi, tra cui la scuola pubblica (questione del velo femminile), le norme edilizie e la pianificazione territoriale (autorizzazione dei minareti) o il sistema cimiteriale (creazione di settori speciali nei cimiteri pubblici).