Dopo il ritiro delle truppe franc. dalla Svizzera, nell'estate del 1802 rivolte federaliste scoppiarono spec. nei cant. che erano stati in precedenza retti a Landsgemeinde, a Zurigo, in parti dell'ex cant. elvetico di Baden, in altre zone dell'Argovia e a Berna (Repubblica elvetica). Il tentativo del governo elvetico di reprimere i disordini sfociò nello scontro del 28 agosto sull'altura della Rengg, dal quale uscirono vincitori i rivoltosi nidvaldesi, nei cannoneggiamenti delle truppe elvetiche sulla città di Zurigo (10/13 settembre), che non diedero alcun risultato, e infine nella marcia dei federalisti argoviesi, solettesi e bernesi contro Berna. Il 18 settembre, dopo una breve sparatoria, il governo elvetico del Landamano Johann Rudolf Dolder si arrese, ottenendo tuttavia di poter partire indisturbato verso Losanna. Il potere statale effettivo passò così in tutti i cant. (eccettuati Vaud e Friburgo) ai neocostituiti governi cant., che diedero all'insieme del Paese un assetto istituzionale con la Dieta separata di Svitto, presieduta da Alois von Reding. Il 3 ottobre l'esercito elvetico fu sconfitto completamente a Faoug dai federalisti, comandati da Niklaus Franz von Bachmann. Napoleone Bonaparte, giudicando i loro successi pericolosi per l'ordinamento politico da lui previsto nel continente europeo, propose quindi alla Svizzera la Mediazione, rivelatasi poi chiaramente, con la nuova e incruenta invasione delle truppe franc., un vero e proprio diktat. L'Inghilterra, dal canto suo, approfittò di tale violazione della pace di Lunéville per dichiarare guerra alla Francia (18.5.1803). La celebre poesia di William Wordsworth Thought of a Briton on the Subjugation of Switzerland (1807) e la stesura schilleriana del Guglielmo Tell (1804) richiamano esplicitamente la rivolta federalista del 1802, detta in seguito "Guerra dei bastoni" (Stecklikrieg) per lo scarso armamento di una parte dei ribelli.