L'ASSN venne fondata sul Petit-Salève (Dip. Alta Savoia, F) il 6.10.1815 come Soc. elvetica di scienze naturali (SESN) e ha assunto la denominazione attuale nel 1988; org.-quadro con sede a Berna, nel 2011 comprendeva 45 ass. specializzate e 29 sezioni cant.
Dopo una prima iniziativa bernese del 1797, la SESN venne fondata dal gruppo che faceva capo al ginevrino Henri-Albert Gosse, con la partecipazione di scienziati provenienti dall'intera Svizzera. D'intesa con due soc. ginevrine (la Société de Physique et d'Histoire naturelle e la Société des Naturalistes), questa soc. a vocazione intercant. doveva riunirsi ogni anno in un cant. diverso. Prima soc. naturalistica nazionale d'Europa, servì da modello per la fondazione di istituzioni analoghe, ad esempio in Germania, Inghilterra, Francia. I medici ne fecero parte fino alla fondazione di una propria org. (Accademia svizzera delle scienze mediche (ASSM)). Scopi dichiarati della SESN erano il progresso delle scienze e il servizio al Paese in ambito politico, economico e filantropico.
La SESN assunse fin dall'inizio compiti di notevole importanza. Creò commissioni da cui nacquero varie istituzioni fed., tra cui l'odierno ufficio fed. di topografia, il servizio idrologico e geologico nazionale e l'Ist. sviz. di meteorologia; nel 1909 diede vita alla Fondazione sviz. per la protezione della natura (Pro Natura dal 1997) e creò il Parco nazionale sviz. (legge fed. del 1914). Nel 1988 si è fatta promotrice dell'idea di una cooperazione con Paesi in via di sviluppo sulla base del partenariato. I suoi principali campi di attività sono la ricerca sull'ambiente e sul clima (Global Change) e lo studio delle Alpi, entrambi condotti a livello intern. e in collaborazione con altre Acc. scientifiche. A ciò si aggiungono progetti a lungo termine nel Parco nazionale, l'inventario dei ghiacciai e lo studio degli aspetti delle nuove tecnologie (ingegneria genetica, esperimenti su animali). Dal 1951 gestisce una stazione di ricerca ad Adiopodoumé (Costa d'Avorio).
Tramite un'intensa politica di pubbliche relazioni e grazie al sostegno delle soc. cant., l'ASSN cerca di gettare un ponte tra il mondo scientifico e l'opinione pubblica. In collaborazione con le ass. ad essa affiliate, che rappresentano tutte le discipline naturalistiche, l'ASSN si occupa inoltre di ricerca, sul piano sviz. e intern., di contatti interdisciplinari e della coordinazione degli stessi; è pure presente in numerosi comitati, commissioni e gruppi di lavoro. Collabora inoltre con gli uffici fed. competenti e assume funzioni-guida in ambito intern., spec. all'interno dell'International Council of Scientific Unions (ICSU).