Il capitolo cattedrale di Basilea è menzionato per la prima volta nell'830 ca. nei libri delle confraternite delle abbazie di Reichenau e San Gallo. Dopo l'abbandono della vita comunitaria, che risale almeno alla seconda metà del XII secolo, i canonici abitavano separati dal vescovo, in case situate nelle vicinanze della cattedrale basilese. Il capitolo, che dal XIII secolo ottenne il diritto di eleggere il vescovo, a partire dal XII/XIII secolo vide inoltre progressivamente accresciuta la sua partecipazione all'amministrazione della diocesi (principato vescovile di Basilea). Dal 1261 i diritti del capitolo vennero garantiti da accordi particolari, detti capitolazioni elettive, che ogni canonico si impegnava a osservare nel caso fosse eletto vescovo; tali accordi miravano soprattutto a evitare un indebitamento della diocesi. Il capitolo, il cui statuto più antico risale al 1289, era una struttura chiusa; composto da esponenti di ceti diversi, esso contava 24 prebende e cooptava i titolari dei posti vacanti. Dignitari erano il prevosto, il decano, il cantor, il grande arcidiacono, il custos e lo scolastico. Nel 1337 i canonici esclusero i cittadini di Basilea dall'accesso al capitolo, con l'eccezione di quelli che avevano un'origine nobile, almeno per parte di padre. Il numero delle prebende riservate agli accademici era limitato a cinque; dal 1453 18 prebende furono riservate ai nobili, le altre (fra cui quella sacerdotale) potevano essere destinate agli accademici non nobili. Gli statuti del 1466 obbligavano il candidato nobile a provare quattro quarti di nobiltà.
Un sigillo proprio del capitolo è documentato per la prima volta nel 1183, mentre un'amministrazione capitolare distinta da quella vescovile è attestata nel 1185. I possedimenti del capitolo, documentabili a partire dal XII secolo, si trovavano a Basilea e nei dintorni (per esempio a Benken e Bubendorf), nel margraviato del Baden (per esempio a Istein), nel Fricktal e specialmente in alta Alsazia (per esempio a Huningue, Michelfelden, Hagenthal e Spechbach). L'amministrazione dell'originario patrimonio capitolare era affidata al solo prevosto; gradualmente vi si aggiunsero altre proprietà, amministrate dall'intero capitolo. A partire dal XIV secolo si possono distinguere cinque settori amministrativi distinti, ognuno con una propria organizzazione e diretti da un amministratore: la prepositura del duomo e l'amministrazione capitolare, che versavano i proventi delle prebende canonicali, la cotidiana e la praesentia, che gestivano la prima gli introiti delle fondazioni per gli anniversari, la seconda i fondi destinati alla rinumerazione dei canonici per la loro presenza nel servizio del coro; la fabbrica del duomo, infine, provvedeva alla manutenzione edile.
Con la Riforma basilese il capitolo perse i propri beni e le rendite che possedeva a Basilea e nei dintorni. Non da ultimo per questo motivo, nel 1529 trasferì la residenza a Friburgo in Brisgovia, anche per essere vicino ai propri poderi in alta Alsazia, nel Sundgau e nel margraviato del Baden. I canonici tenevano il servizio liturgico nel duomo di Friburgo. La speranza di un rapido ritorno a Basilea sfumò nel 1585: con l'accordo di Baden, che il capitolo non sottoscrisse, il principe vescovo Jakob Christoph Blarer von Wartensee rinunciò infatti ai diritti che aveva a Basilea in cambio di un indennizzo.
Nel 1675, durante la guerra fra l'imperatore e Luigi XIV, le truppe francesi confiscarono le principali rendite del capitolo in Alsazia e nel Sundgau; la loro restituzione venne vincolata al ritorno del capitolo nel principato vescovile di Basilea. Per tale ragione, nel dicembre 1678 i canonici si trasferirono ad Arlesheim, dove il principe vescovo Johann Konrad von Roggenbach fece costruire un duomo in stile protobarocco (1679-1681) e abitazioni per i canonici. Nel 1681 il capitolo adottò un nuovo statuto, che subordinava l'ammissione di canonici nobili alla prova dei sedicesimi, cioè alla dimostrazione dell'origine nobile anche dei bisnonni. Poiché tale norma rese più difficile l'ammissione al capitolo di candidati svizzeri, nel XVII e XVIII secolo la maggior parte dei canonici nobili proveniva dal principato vescovile, dall'Alsazia e dalla Brisgovia. I candidati dovevano inoltre esibire documenti attestanti l'origine tedesca, gli studi compiuti (per gli accademici l'esame finale e quattro anni di formazione) e l'ottenimento della tonsura.
Dopo il suo ritorno nel territorio del principato vescovile, il capitolo partecipò nuovamente al governo temporale; due suoi delegati si trovavano regolarmente a Porrentruy, alla corte del principe vescovo, che spesso affidava ai canonici missioni diplomatiche. Stando alle capitolazioni elettive, che sono interamente conservate a partire dal 1575, per le nomine dei Consiglieri segreti, del cancelliere, del Landhofmeister (il più alto dignitario della corte) e del balivo dell'Ajoie era necessario il consenso del capitolo.
Il capitolo del duomo di Basilea, con un reddito annuo di ca. 1000 fiorini per canonico nel XVIII secolo, era il più ricco fra tutti i capitoli cattedrali in territorio svizzero; nell'insieme della Chiesa dell'Impero occupava invece un rango intermedio.
Durante l'occupazione francese di Arlesheim (1792) i canonici vennero posti agli arresti domiciliari; nella primavera del 1793 tornarono a Friburgo in Brisgovia. Dopo il recesso della Dieta imperiale del 1803, il capitolo si riunì ancora una volta nel 1814 a Offenburg. Con il congresso di Vienna (1814-1815) le speranze di un ripristino del principato vescovile svanirono definitivamente; nel 1828 i canonici rimasti rinunciarono all'integrazione nel capitolo cattedrale della nuova diocesi di Basilea.