Una forma embrionale di servizio sanitario è attestata nella Conf. dalla guerra di Laupen (1339-40). Di regola il capitano provvedeva affinché i feriti fossero curati e i morti sepolti dopo la battaglia. Durante le campagne militari il personale medico accompagnava le truppe con le salmerie. Dal XVIII sec. il servizio sanitario si sviluppò in Svizzera a due livelli: da un lato in singoli cant. sorsero org. specifiche (ad esempio nel 1713 Berna pubblicò il primo regolamento sviz. sul servizio sanitario), dall'altro i reggimenti al servizio di potenze straniere si adeguarono alle norme europee. Queste prevedevano che in tempo di pace il chirurgo militare del reggimento o chirurgo-maggiore fosse responsabile dell'igiene e dei trattamenti nell'ospedale di reggimento e durante le operazioni belliche garantisse il servizio sanitario di base.
Dal 1798 al 1848 la sanità militare fu diretta dal commissariato centrale di guerra e, a livello cant., da un medico in capo dell'esercito. Ogni battaglione dell'attiva fed. contava nell'organico un chirurgo con il grado di capitano (le competenze del grado gli furono attribuite solo nel 1862) e due sottochirurghi. Ogni divisione forniva inoltre un ospedale da campo mobile (ambulanza) con il personale. La guerra del Sonderbund (1847) rivelò grandi lacune: per l'intero esercito fed. di 98'861 uomini vi erano solo 110 sanitari nelle ambulanze - perlopiù senza una formazione adeguata - e 384 medici e frati (personale sanitario ausiliario) inquadrati nei battaglioni (0,5% degli effettivi complessivi). Mancavano i mezzi di trasporto e il materiale, che si dovette requisire. L'occupazione delle frontiere (1870-71) e l'internamento dell'esercito di Bourbaki mostrarono nuovamente gravi carenze, a cui sopperirono ancora org. civili, tra cui la Croce Rossa e il Comitato intern. di soccorso per i prigionieri di guerra, fondato a Basilea nel 1870. Con l'organizzazione militare del 1874 fu istituito il servizio sanitario quale arma autonoma, composta da 7590 uomini, vale a dire il 3,75% dell'effettivo totale dell'esercito (202'479 uomini), e l'istruzione venne migliorata. L'organizzazione delle truppe (OT) del 1912 semplificò il trattamento dei feriti definendo tre tappe: primi soccorsi da parte dei sanitari di truppa, piazze di fasciatura delle sezioni sanitarie e ospedali da campo delle istallazioni mediche delle retrovie e territoriali con unità di truppe sanitarie. Nel 1918-19 gli ospedali da campo si rivelarono tuttavia del tutto inadeguati a gestire il sovraccarico di lavoro dovuto all'influenza spagnola.
Dopo l'OT del 1938 ogni divisione fu dotata di una sezione sanitaria e ogni corpo d'armata di un ospedale da campo e di mezzi di trasporto supplementari. L'esercito disponeva anche di due ospedali da campo, 28 treni sanitari e quattro ist. sanitari militari. Fu inoltre istituita per la prima volta una sezione sanitaria nello Stato maggiore generale. Nel 1942 la Croce Rossa fu separata dall'esercito. Durante la seconda guerra mondiale il numero di pazienti oscillò tra i 15'123 del 1940 e i 1275 del 1945, in media pari al 4-6% degli effettivi dell'esercito.
Durante la Guerra fredda (1945-89) il servizio sanitario operò in stretta collaborazione con partner civili. Secondo la nuova concezione in due fasi, dal 1983 i feriti passavano dalla truppa (fase preospedaliera) alla base (fase ospedaliera). Nelle zone territoriali furono inoltre creati 13 reggimenti d'ospedale. Le riforme successive al 1989 hanno conservato in gran parte questa struttura. Il servizio della Croce Rossa fu reintegrato nell'esercito. Tra i compiti principali del servizio sanitario moderno figurano la prevenzione dai danni alla salute risp. la tutela della salute della truppa, l'apprezzamento medico dell'idoneità al servizio, il trasporto e il trattamento dei feriti e degli ammalati e la preparazione del materiale. L'istruzione delle truppe sanitarie si svolge nelle piazze d'armi di Moudon e Airolo e prevede un periodo di pratica in ospedale.