Succedendo alla Montagszeitung, la Neue Zürcher Zeitung (NZZ) fu fondata nel 1780 da Salomon Gessner con il nome di Zürcher Zeitung presso la casa editrice Orell, Gessner, Füssli & Co (Orell Füssli). Inizialmente i redattori del giornale, che si ispirava agli ideali illuministi, provenivano soprattutto dalla Germania. Durante la Repubblica elvetica e la Restaurazione il foglio, diretto da Johann Heinrich Füssli, seguì una linea eterogenea, nel complesso tendenzialmente riformista. La denominazione NZZ venne assunta nel 1821, anno in cui Paul Usteri divenne caporedattore. In seguito il giornale di orientamento liberale lottò contro la censura e il Sonderbund e a favore dello Stato fed. Dopo il 1848 difese le posizioni di Alfred Escher nell'ambito delle controversie relative alle costruzioni ferroviarie. Dato che la fine del "sistema Escher" nel 1868 aveva messo in pericolo la sopravvivenza della NZZ, i liberali zurighesi fondarono la AG NZZ, di cui, in base agli statuti, controllavano le quote azionarie e il comitato di amministrazione. Nel 1988 Kaspar Villiger fu il primo membro non Zurighese del comitato. Nel 1892 la NZZ acquistò la propria sede nella Falkenstrasse, in seguito più volte trasformata e ampliata. Dal 1989 la tipografia è ubicata a Schlieren.
Dal 1885 una serie di caporedattori (Walter Bissegger, Albert Meyer, Willy Bretscher, Fred Luchsinger, Hugo Bütler), che rimasero al loro posto per molti anni e assunsero un ruolo di peso, garantirono al giornale una continuità fuori dal comune. Anche i vertici aziendali (tra cui Ulrich Meister, Paul Emil Usteri) rimasero in carica per lungo tempo. Sul piano politico e della composizione redazionale, la NZZ è sempre stata vicina al PRD. Oltre che alla sezione economica e alle pagine culturali, il giornale deve la sua fama soprattutto alla cronaca estera, assicurata da una vasta rete di corrispondenti creata dal 1870. La NZZ ha sempre sostenuto la neutralità sviz. Dopo aver assunto una posizione di mediazione durante la prima guerra mondiale, dal 1934 si distanziò nettamente dal nazionalsocialismo e dal frontismo, incarnando lo spirito di resistenza dello schieramento borghese (Petizione dei 200). Risolutamente anticomunista durante la Guerra fredda, la NZZ si espresse contro la neutralizzazione della Germania e assunse un atteggiamento oscillante nei confronti dell'integrazione europea. Quale più importante giornale di prestigio del Paese, la NZZ ha una vasta eco anche al di fuori dei confini nazionali (dal 1937 edizione per l'estero, dal 1995 edizione intern. stampata in Germania). Inizialmente bisettimanale (mercoledì, sabato), poi quotidiano (1843, con uscita anche domenicale), dal 1894 al 1969 il giornale ebbe tre edizioni giornaliere; dal 1974 esce sei volte la settimana. Nel 2002 venne fondata la NZZ am Sonntag. La tiratura, inferiore alle 5000 copie nel XIX sec., durante il XX sec. crebbe costantemente, soprattutto durante le due guerre mondiali e in seguito alle innovazioni introdotte attorno al 1969. Dal 2001 si registrò un calo degli inserzionisti e della tiratura (146'729 copie nel 2008). Nel 1998 venne costituito il gruppo NZZ, a cui fanno capo tra l'altro una casa editrice (NZZ Libro), programmi televisivi (NZZ Format), trasmissioni radiofoniche, il sito internet del giornale e riviste. Il gruppo detiene inoltre partecipazioni (fino al 100%) di giornali regionali (tra gli altri, Sankt Galler Tagblatt, Neue Luzerner Zeitung, Der Zürcher Oberländer). Alla fine del 2006 il gruppo occupava 1714 persone, di cui 537 lavoravano per la NZZ.