31.3.1825 Ginevra, 4.11.1897 Ginevra, riformato, di Ginevra. Pastore, storico della Chiesa, critico letterario e traduttore.
François Naef era figlio di Bernard Naef, attivo come incisore e commerciante di orologi nonché membro del Consiglio rappresentativo di Ginevra, e di Jeanne-Antoinette nata Benoît. Nel 1853 sposò Antoinette-Etiennette-Françoise Barral, con cui ebbe tre figli, di cui due raggiunsero l'età adulta. Dopo la scuola elementare, dal 1833 Naef frequentò l'Ecole commerciale et industrielle e dal 1838 il Collège a Ginevra. Seguì inoltre lezioni private di disegno presso Auguste Calame. Dal 1842 studiò all'Accademia di Ginevra, dove fu in particolare allievo di Rodolphe Töpffer. Lo stesso anno aderì all'associazione studentesca Société de Belles-Lettres, che presiedette nel 1844; più tardi passò alla Zofingia. Attivo come precettore nel 1843, rinunciò tuttavia a un incarico di educatore a Odessa e nel 1844 conseguì il titolo di bachelier ès lettres. All'Accademia seguì lezioni di Alphonse de Candolle ed Ernest Naville e dal 1846 iniziò studi di teologia. Ordinato pastore nel 1850, Naef fece parte della Commission permanente de littérature religieuse et théologique della Compagnie des pasteurs. Nel 1851 assunse un ministero pastorale a Poliez-le-Grand e rinunciò a una cattedra di teologia all'Accademia di Losanna. Lasciò Poliez-le-Grand nel 1860 e divenne cappellano delle scuole elementari di Ginevra. Negli anni 1860 predicò in diverse comunità riformate della città di Ginevra e a Carouge (GE). Pastore a Begnins (1864), vi presiedette la commissione scolastica. In seguito lavorò come pastore a Céligny (1867-1886) e fu vicepresidente (1877 e 1882) e presidente (1878) della Compagnie des pasteurs ginevrina. Fu inoltre autore di opere di storia ecclesiastica, tra cui l'Histoire de la Réformation del 1856, che ebbe una seconda edizione nel 1866. Trascorse gli anni del pensionamento a Le Grand-Saconnex (1886-1897).
Insignito di diversi premi per i suoi lavori già da scolaro e studente, durante gli anni del liceo fondò il giornale studentesco L’Echappé de Collège. Più tardi fu lettore dell'almanacco Alpenrosen, pubblicato da Abraham Emanuel Fröhlich, e della rivista L'Educateur di Alexandre Daguet. François Milliquet, pastore di Dommartin, gli fece conoscere le opere di Jeremias Gotthelf, pseudonimo di Albert Bitzius. In seguito dello scrittore tradusse in francese il racconto Der Sonntag des Grossvaters, uscito nel 1853 con il titolo Le dimanche du grand-père. Naef scrisse numerose recensioni per la Bibliothèque universelle (1864-1866) e pubblicò contributi sulle Etrennes religieuses, organo dei pastori di orientamento liberale (1874-1893). Dal 1881 fino alla morte collaborò inoltre a La Lecture (per le Bibliothèques populaires) e alla Petite bibliothèque helvétique. Fu inoltre autore dei Souvenirs d’un sexagénaire, quattro volumi di memorie non pubblicati (1888-1890).