13.9.1959 Herisau, riformato, di Heiden. Figlio di Paul Sonderegger, tintore, più tardi commerciante tessile, procuratore e deputato democratico al Gran Consiglio di Appenzello Esterno, e di Elsbeth nata Schefer, casalinga, attiva nel servizio di assistenza della Croce Rossa dell’ospedale di Herisau. Fratello di Jürg Sonderegger (*1950), direttore scolastico e docente all'alta scuola pedagogica di Zurigo. Dal matrimonio nel 1990 con Vera Löchtermann (*1961), logopedista, nel 1992 è nato il figlio Julian Sonderegger, giurista. Dal 1999 convive con Madeleine Paris (*1956), insegnante.
Dopo le scuole elementare e secondaria a Herisau, Christian Sonderegger ha frequentato il liceo a San Gallo e Appenzello (1974-1981). Dal 1983 ha studiato storia, economia politica e diritto pubblico all’Università di Berna, specializzandosi poi in storia politica, economica e sociale del XX secolo. Nel suo lavoro di licenza (1991, cattedra di Christian Pfister), intitolato Die Grippeepidemie 1918/19 in der Schweiz, ha adottato un approccio innovativo nell’analisi dei dati sulla mortalità e sull’evoluzione dell’epidemia di influenza in Svizzera. Dapprima attivo come storico free lance, nel 1991 ha fondato con tre partner il Geschichts-Atelier, un ufficio per la ricerca storica. I vari mandati comprendevano, accanto a testi di storia locale, documentazioni di storia orale. Per la casa editrice Sauerländer tra il 1996 e il 2001 ha pubblicato, come cocuratore e autore, il Neues Staatskundelexikon für Politik, Recht, Wirtschaft, Gesellschaft (tre edizioni, seconda e terza edizione con il titolo Lexikon für Politik, Recht, Wirtschaft, Gesellschaft), di cui ha concepito e redatto pure la continuazione, il dizionario Aktuelle Schweiz, uscito nel 2004 con una tiratura di 40'000 esemplari. Come volontario si è impegnato per lo sport giovanile e popolare e in organizzazioni a carattere sociale.
Christian Sonderegger ha dedicato la sua vita professionale al Dizionario storico della Svizzera (DSS), dove ha iniziato a lavorare nel 1992 come redattore. Presto sono inoltre emerse le sue capacità manageriali; su sua iniziativa sono stati gradualmente introdotti strumenti di pianificazione, una redazione finale e procedure di controllo della qualità. Nel 1994-1996 ha collaborato in particolare allo sviluppo del primo sistema redazionale elettronico, che già nel 1998 ha consentito la pubblicazione in internet di voci nel cosiddetto e-DSS. È stato infine responsabile della pianificazione, coordinazione, redazione e preparazione per la stampa dell’edizione cartacea in 13 volumi del Dizionario storico della Svizzera nelle tre lingue tedesco, francese e italiano (2002-2014) e dell’edizione parziale in romancio in due volumi, il Lexicon Istoric Retic (LIR, 2010-2012). Parallelamente Sonderegger ha conseguito un Diploma of Advanced Studies in Public and Nonprofit Management all’Università di Friburgo (2011-2012). Vicecaporedattore dal 2002 al 2014 e responsabile operativo dal 2015, nel 2017 ha assunto la direzione del DSS con il compito di realizzarne il passaggio da una fondazione indipendente a un’impresa dell’Accademia svizzera delle scienze umane e sociali (ASSU) e la trasformazione in un dizionario puramente digitale (in linea dal 2019). Ha inoltre avviato la ripresa e l’ampliamento dell’edizione parziale in romancio e la sua integrazione nell’offerta online del DSS (Lexicon istoric da la Svizra, LIS, in linea dal 2023). Grazie alle sue approfondite conoscenze storiche, alla spiccata sensibilità linguistica e stilistica e alla grande intuizione per la complessità del corpus lessicografico, Christian Sonderegger ha dato un impulso decisivo alla configurazione formale e contenutistica del DSS. Convinto divulgatore scientifico e dirigente determinato, Sonderegger ha contribuito al successo duraturo del Dizionario storico della Svizzera cartaceo ed elettronico come opera storiografica di portata nazionale.